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禾本科稗属(Echinochloa)包含大量能够导致作物产量减少的杂草,在全世界范围内广泛分布,形态复杂多样,分类鉴定较为困难。随着高通量测序技术的发展,DNA序列信息成为了物种研究和进化分析的基础,然而至今为止,稗属的DNA序列信息仍然十分有限。本研究通过对稗属两个种水田稗(Echinochloa oryzicola)和稗(Echinochloa crus-galli)新鲜绿色叶片进行高通量测序,利用叶绿体基因组序列的保守性进行稗草叶绿体拼接组装,获得了两条完整的稗草叶绿体基因组序列。此外,研究利用叶绿体基因组估算了稗属的分化时间,并开发了分子标记,为稗属的全基因组研究奠定了基础。具体结果如下：1.水田稗STB03的叶绿体基因组长139,891bp,大单拷贝区(LSC)长82.108bp,小单拷贝区(SSC)长13,205bp,反向重复区(IR)长22,289bp。稗BTS02的叶绿体基因组长139,800bp, LSC长82,047bp, SSC长12,517bp, IR长22,618bp。两条叶绿体基因组之间存在79个插入缺失和466个碱基替换位点,均包含131个蛋白编码基因,其中112个为单拷贝基因,位于大／小单拷贝区,19个基因有两个拷贝,位于反向重复区。2.通过叶绿体基因组系统进化分析对稗属的分化时间进行了估算,得出稗属与稷属(Panicum)分化的时间大约为21.6百万年前(Mya),水田稗与稗的分化时间大约是3.3Mya。3.根据稗草叶绿体基因组trnT-L序列差异,利用标记trna-b1能够清楚的鉴定出水田稗,把481份稗草材料区分为225份水田稗类和256份其它稗类。4.为了进一步对除水田稗之外的其它稗种进行分类鉴定,利用2条叶绿体基因组序列之间的差异,以已确定物种的3个稗种为参考,开发出叶绿体新标记psbA。该标记能将245份其它稗种材料分为4类,包括稗的原变种E. crus-galli var. crus-galli等。