苦荞属于蓼科荞麦属也称为鞑靼荞麦(Tartary buckwheat),是一种粮药兼用的一年生作物。近年来,由于其较高的黄酮含量而被人们广泛了解。而查尔酮合酶(Chalcone synthase)是黄酮类化合物合成途径中第一个关键的限速酶,对黄酮含量的高低有着很大的影响。甲基化作为表观遗传十分重要的一种表现,它不仅参与基因的表达调控、胚胎发育,还参与基因组印迹、细胞分化、X染色体失活和细胞记忆等诸多生物学过程,而且甲基化在杂种优势的形成当中也有着举足轻重的作用。我们选用30个苦荞材料进行CHS基因和黄酮含量分析,另选用7个苦荞材料进行MSAP分析,希望找到影响黄酮含量的因素。以克隆到的四川老鸦苦荞CHS基因序列为参照,然后对苦荞CHS基因序列进行多样性分析。然后将30个来自不同省份的苦荞材料的黄酮含量测出后,与整个CHS基因序列的差异进行分析,通过分析得知当CHS基因序列发生碱基插入时,会导致黄酮含量的降低。将CHS基因序列使用亚硫酸氢盐法处理,设计甲基化引物,扩增得到14个苦荞材料的CHS基因序列的CpG岛,然后与黄酮含量做相关性分析,发现CpG岛的甲基化状态与材料的地理位置和生活环境有着一定的关系,另外甲基化的总量与甲基化的位点对黄酮含量也有影响,但是由于材料数过少,无法得到准确的结果,下一步可以加大材料量,然后使用SPSS分析它们之间的相关性。使用MSAP法对2对父母本和4个子一代进行甲基化分析。在经过一年的重复实验以及条件实验后,无法得到可以分离出的差异性条带,而且对大量不同的苦荞材料进行MSAP分析后,都无法得到差异条带,所以推测苦荞的CCGG位点较保守,甲基化状态相似,并没有差异性,无法通过MSAP方法分析父母本与优势杂交种之间的表观遗传现象。