牙周炎是一种常见的以牙周支持组织持续的慢性炎症状态为特征的复杂多因素疾病，近些年来，有很多关于牙周炎相关基因的研究，产生了大量与牙周炎相关的基因组数据，因此本研究用生物信息学的方法寻找与牙周炎关系密切的候选基因。　　方法:我们先通过文献挖掘的方法找到已经确认的与牙周炎相关的基因作为种子基因。同时，从基因表达谱及全基因组关联研究数据中提取出三种不同的候选基因，最后结合种子基因，通过融合四种不同的生物信息学方法对三种类型的基因进行优化。如果一个基因被三种优化方法挑选出来，并且在每种方法中的排秩前20，那么我们将其称为最有价值的牙周炎候选基因。　　结果:通过上述方法，我们找到了21个最有价值的牙周炎候选基因。其中已经有很多研究报道了IL18，CD44，CXCL1，L6ST, MMP3，MMP7，CCR1，MMP13，和TLR9牙周炎存在一定的关系。然而对于其他一些基因的关注却很少，如CSF3，CD40, TNFSF14， IFNB1,TIRAP,IL2RA,ETS1,GADD45B, BIRC3,VAV1,COL5A1,和C3，这些基因与细菌感染、免疫反应及炎症反应密切相关，提示我们进一步研究这些基因在牙周炎发病过程中的作用将具有重要意义。　　结论:融合多种生物信息学方法挖掘牙周炎候选基因是一个可行的方法。这些理论性的结果（21个候选基因）对于实验学者今后在研究牙周炎发病机制中设计目的性更强的实验提供新的线索。