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墨西哥湾扇贝本身个体较小，随着累代养殖，种质下降，生长缓慢、抗逆性差等症状越来越凸显，对其进行种质改良成为解决的手段之一。杂交育种技术是种质改良的常用且有效的方法之一。从秘鲁引进的紫扇贝与墨西哥湾扇贝属于同属且存在互补的性状，可作为墨西哥湾扇贝种质改良的材料。本实验就是以引进的紫扇贝和墨西哥湾扇贝为亲本进行种间杂交研究，期望能培育具有良好遗传性状的扇贝杂交新品种。
1以紫扇贝和墨西哥湾扇贝为亲本，建立自交组合及杂交组合，自交组合:紫扇贝自交组合(ZZ)、墨西哥湾扇贝自交组合（MM）;杂交组合:紫扇贝（♀）×墨西哥湾扇贝(♂）(ZM)、墨西哥湾扇贝（♀）×紫扇贝(♂）(MZ)。结果表明:各组合的孵化率和受精率都在90％以上，杂交组合的孵化率要好于自交组合各组合的受精率之间没有明显的差异，在壳长、壳高、体重等的日增长率上，杂交组合的生长速度也比自交组合快，尤其在养成期尤为明显。杂交组合的整体水平均高于自交组合，使杂交子代表现出一定的杂种优势。
2对杂交扇贝子代主要生长性状的通径分析和形态学研究，结果表明:120d时，杂交群体MZ、ZM的生长性状与体重的相关程度为壳高＞壳宽＞壳长，且壳长的直接和间接作用最大，而自交群体ZZ、MM的生长性状与体重的相关程度为壳宽＞壳长＞壳高，且壳宽对体重有最大的影响作用。150d时，杂交群体MZ、ZM的生长性状与体重的相关程度最高的是壳长，且壳长对体重的决定作用最大;而与自交群体ZZ、MM的相关程度最高的分别是壳长和壳宽，且对体重有最大影响效应。杂交群体左右壳的放射肋数目有所不同，但分布区间均一致，占最大分布比例的放射肋条数目是相同的，且放射肋数目介于紫扇贝和墨西哥湾扇贝放射肋数目之间，表现为中间型。
3对杂交组合进行后代鉴定，结果表明:利用PCR-AFLP技术，选用限制性内切酶MseⅠ，可对墨西哥湾扇贝和紫扇贝的杂交后代进行有效的鉴别。