萤火虫泛指鞘翅目萤科昆虫,全世界已记录2,000多种,其中水栖萤火虫较为稀少,仅有9种有正式记录。雷氏黄萤（Aquatica leii）幼虫水栖,主要栖息在浅水河流、溪流、沟渠底物上。山窗萤（Lychnuris praetexta）幼虫为陆栖,分布较广,是陆栖窗萤属特别常见的一种萤火虫。虽然对不同生境萤火虫的行为和形态已有研究和认知,但有关萤火虫适应水环境的分子基础仍知之甚少。本论文主要从基因序列变化及表达水平变化、水栖与陆栖萤火虫的种内及种间比较探讨熠萤亚科萤火虫对水环境适应的分子基础。本文主要采用高通量测序技术对水栖萤火虫（A.leii）和陆栖萤火虫（L.praetexta）的转录组进行测序。采用PRANK对直系同源基因进行序列比对,构建核苷酸和氨基酸数据集,以山松甲虫（Dendroctonus pokerosae）和赤拟谷盗（Tribolium castaneum）为外群,进行系统发育分析;通过选择压检验,鉴定水栖萤火虫中快速进化及受到正选择作用的基因集;通过对不同栖息类型萤火虫种间及种内的差异基因表达分析,鉴定水栖萤火虫的特异差异表达基因;通过功能富集分析对这些基因功能进行解析,以期揭示熠萤亚科萤火虫适应水环境的分子基础。本文对水栖萤火虫A.leii的转录组进行从头组装,然后结合另一种水栖萤火虫（Luciola aquatilis）的转录组和两种陆栖甲虫（T.castaneum和D.pokerosae）的基因组,重建五个物种间的最大似然和贝叶斯树一致树。基于五个物种间的2,675个单拷贝直系同源基因,对每个物种对应枝的进化速率进行评估。结果表明,水栖萤火虫的平均进化速率比陆栖萤火虫慢,表明水栖萤火虫具有全基因组的进化限制。本论文也鉴定了水栖萤火虫中341个快速进化基因和116个正选择基因和特异差异表达的基因。这些基因主要功能涉及能量代谢、线粒体功能、细胞内蛋白质转运、细胞质、缺氧反应和线粒体ATP生产。其中,76个基因既快速进化又受到了正选择作用,主要参与ATP的生产、能量代谢和低氧反应。此外,在A.leii幼虫和成虫间鉴定到7,271个差异表达基因（DEGs）,在L.praetexta幼虫和成虫间鉴定到8,309个差异表达基因（DEGs）。通过种间差异表达基因比较（A.leii和L.praetexta）,发现1,445基因在水栖萤火虫中特异差异表达。这些基因主要涉及能量代谢效率（如ATP生产和缺氧）、免疫反应和水栖萤火虫水栖适应形态（如几丁质表皮、呼吸腮和复眼形态等）相关基因。这些结果表明,代谢效率和水栖适应形态相关基因的序列和表达水平的变化有助于萤火虫对淡水环境的适应。这项研究为昆虫水栖适应的分子机制提供了新见解。