鲟鱼是一类古老的大型经济鱼类，由于过度捕捞和人类对其生态环境的破坏及鲟鱼自身具有的性成熟时间长、幼体成活率低等特点，使世界范围内的鲟鱼自然资源日趋枯竭。随着人们对鲟鱼肉及鱼子酱等产品需求的不断增加，人工养殖鲟鱼已是鲟鱼制品的主要来源。但由于种质来源不清及大量杂交鲟的存在导致种质混乱情况比较严重，目前国内外均还没有一套比较完善可行的鲟鱼种质鉴定体系。本文利用线粒体DNA（mtDNA）多重PCR技术与微卫星分子标记相结合鉴定未知鲟鱼品种，并根据微卫星结果了解鲟鱼种群的遗传多样性和遗传距离，为鲟鱼苗种繁育中的亲鱼配对选择提供参考。具体研究结果如下：1.根据施氏鲟、达氏鳇、俄罗斯鲟、西伯利亚鲟、小体鲟这5种鲟鱼的线粒体控制区域（D-loop）序列的差异，利用物种特异性引物进行PCR扩增，根据凝胶电泳上特异性条带位置的差异鉴别鲟鱼母本来源，再利用微卫星具有分布均匀兼具亲本遗传特点的优势，鉴定其父本来源，利用两者优势互补的原则建立起一套简单、快捷的鲟鱼种质鉴定体系。2.采用13个微卫星位点对施氏鲟、小体鲟、西伯利亚鲟、达氏鳇和俄罗斯鲟5种鲟鱼种群的遗传多样性进行了分析。结果表明13对引物在各个鲟鱼种群中检测到的平均等位基因数在4.9～12.5之间，但5种鲟鱼的等位基因数仍远低于其他鱼类，平均等位基因数也低于洄游鱼类的平均等位基因数。平均表观遗传杂合度均大于0.5，但较高的表观杂合度主要是受鲟鱼本身多倍体特征和所用分子标记自身多态性的影响。除小体鲟以外，Hardy-Weinberg平衡遗传偏离指数均大于0，说明种群后代主要由少数亲本繁育而来，存在不同程度遗传多样性缺乏现象。而小体鲟种群Hardy-Weinberg平衡遗传偏离指数均小于0，存在一定程度的近交。总之，5种鲟鱼各种群的遗传多样性都处在较低水平。3.除西伯利亚鲟和俄罗斯鲟样本分别采集自一个种群以外，其他3种鲟鱼采集样本的种群数至少为两个，利用微卫星数据对这3种鲟鱼的种群分化进行分析，结果表明施氏鲟的两个群体间的Fst小于0.05，无分化。小体鲟两个群体间的Fst为0.0765，属于中度分化。对于达氏鳇4个群体，其Fst最小的2个种群是SH和WH11，最大的2个种群是SH和WH05，其它种群差异居中。差异最大的SH和WH05种群分别从不同的地点引进，所以在改善达氏鳇种群遗传多样性方面起到一定作用，但四个种群两两间Fst均在0.05和0.15之间，因此属于中度分化。利用微卫星数据计算遗传距离，结果表明种间Ds数值最大出现在小体鲟和达氏鳇之间，Ds均值为2.4712。系统树分析结果表明小体鲟、俄罗斯鲟和西伯利亚鲟聚为一支，而施氏鲟和达氏鳇则聚为另一支。在自然水域中，小体鲟、俄罗斯鲟和西伯利亚鲟的分布水域部分重叠，而施氏鲟和达氏鳇的生活水域高度重合，暗示同一水域中分布的这几种鲟鱼可能具有相同的祖先。对于杂交鲟，除了俄罗斯鲟♀×西伯利亚鲟♂和施氏鲟♀×西伯利亚鲟♂聚类时先于其母本结合在一起，所有达氏鳇为父本的杂交鲟则都是先与其父本聚为一支的，且从形态学上更偏向达氏鳇的形态特征。