中华蓑藓(Macromitrium cavaleriei Card.&Thér.)、缺齿蓑藓（Macromitriumgymnostomum Sull.&Lesq.）、钝叶蓑藓(Macromitriumjaponicum Dozy&Molk.)是中国东部地区常见的三种蓑藓属植物。为掌握它们形态、遗传变异及其可能的地理背景因素，旨在为更好地理解它们的种下变异和多样性特点，我们从浙江、广西、福建、台湾境内采集了缺齿蓑藓、中华蓑藓和钝叶蓑藓共24个地理单位的192份样本，测定了配子体叶片的13个性状数据，通过正交试验法确定了蓑藓属植物ISSR-PCR最佳反应体系，获取了它们ISSR分子标记，以此为基础研究了三者的形态变异特点，以及形态、遗传变异和地理背景三者之间的相关性。结论如下:　　(1)共测定了缺齿蓑藓11个地理居群106份样本的13个形态性状，发现该种在叶片长度、不同部位的长宽比、细胞长宽比等数量性状上存在明显的变异，以叶片下部细胞形态的变异系数最大。基于形态数据的聚类分析将106份样本分成三组，它们在叶尖形态、叶长、叶片中部细胞疣的特点、叶基细胞形态、中肋粗细和长度这五个性状在三组间存在极显著差异(P＜0.001)。106份样本可以被更细地分成8个组，除了中肋长度，其余12个性状在各组间均存在极显著的差异。基于形态数据进行的主成分分析表明，叶下部细胞长宽比这一性状对缺齿蓑藓种下形态分化的作用最大，中部细胞疣的作用最弱。以13个形态数据对106份样本进行了除趋势对应分析，以各样本在前三维排序轴上的得份值进行了模糊均值聚类其主坐标分析，得到了和直接以形态数据的聚类分组相似的结果，但是后者得到了组内各样本归属是否合理的信息。　　(2)针对缺齿蓑藓，筛选出了13条重复性好的ISSR引物，在11个地理居群中共扩增出150条带，其中148条具多态性，多态性条带百分率为98.67％。居群总的Nei指数为0.3094，居群内的基因多样性占62.22％。基于148个位点，将106份样本聚成8组，缺齿蓑藓的形态变异有一定的遗传背景(r=0.159，n=106，P＜0.2)，地理因素对形态分化(r=0.309,n=106，P＜0.01)和遗传分化(r=0.251,n=106，P＜0.01)产生了极显著的影响。　　(3)共测定了中华蓑藓6个地理居群40份样本的13个形态性状，发现该种在叶片上部长宽比的变异系数最大、差异最小的是叶长。基于13个形态性状，应用聚类分析可以将40份样本分成三组。筛选出了13条重复性好的ISSR引物，在6个中华蓑藓地理居群中共扩增出135条带，其中128条具多态性，多态性条带百分率为94.81％。居群总的Nei指数为0.3186，居群内的基因多样性占65.44％。基于128个位点，将40份样本聚成3组。在研究区域内，中华蓑藓的形态变异与遗传背景之间(r=0.14，n=40，P＞0.2)的相关性不明显，而地理来源对遗传分化(r=0.213，n=40，P＜0.1)和形态变异(r=0.224，n=40，P＜0.1)有一定的影响。　　(4)共测定了7个地理居群46份钝叶蓑藓样本的7个形态性状，发现该种形态变异最强烈的是叶片上部长宽比，区别作用最小的是叶长变化。基于7个形态性状数据，应用聚类分析可以将46份样本分成四组。利用筛选出的13条ISSR引物，基于7个地理居群的钝叶蓑藓共扩增出192条带，多态性条带为188条，多态性条带百分率为97.92％;居群总的Nei指数为0.2467，居群内的基因多样性占61.25％。基于188个位点，将40份样本聚成4组，钝叶蓑藓的形态变异与遗传背景之间(r=0.204，n=46，P＜0.2)、形态性状与地理来源之间(r=0.209，n=46，P＜0.2)存在一定的相关性，而在遗传与地理来源之间没有相关性(r=-0.025，n=40，P＞0.5)。　　(5)以192份样本为对象，以13个形态性状和从13个ISSR引物中扩增出来的249个位点信息为指标，应用聚类分析、基于除趋势对应分析的模糊均值聚类，获得了展示缺齿蓑藓、中华蓑藓和钝叶蓑藓在形态和遗传差异的聚类图和二维排序图。基于形态和分子数据的系统聚类图上，192份样本均可以分成三组，两者也有很好的对应性，在形态聚类图上仅有6份样本在中华蓑藓和缺齿蓑藓两个种的归属上有误。在基于叶片性状的形态聚类图上，中华蓑藓与缺齿蓑藓更相近，而在基于遗传数据的聚类图上，中华蓑藓与钝叶蓑藓更相近，这与传统地将这两者归于平蒴组，而缺齿蓑藓属于棱蒴组相一致。　　(6)本文采用了模糊均值聚类法开展了基于形态和遗传数据的分类，通过分组的平均Silhouette宽度值和各样本的成员值，很好地反映了不同样本隶属该组的合理程度。