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目的:三检测新疆卡波氏肉瘤(Kaposis Sarcoma,KS)组织中人源的以及卡波氏肉瘤相关病毒(Kaposi Sarcoma-associated Herpersivirus,KSHV)编码的MicroRNAs(miRNAs)表达的变化,探讨miRNAs与新疆KS发病的相关性,寻找在KS发病机制研究中新的突破点,为下一步的研究奠定基础。
方法:选取维吾尔族、哈萨克族5例经典KS肿瘤组织及瘤旁皮肤对照组织,分别采用晶芯()哺乳动物miRNA微阵列芯片V3.0(北京博奥生物芯片有限公司)和miRCURYTM LNA V9.2(丹麦Exiqon公司)的miRNA芯片筛选差异表达的miRNAs以及差异表达的KSHVmiRNAs;以在两次独立芯片实验中共同差异表达的人源miRNAs及miRCURYTM LNA V9.2芯片差异表达KSHV miRNAs为重点,检索mirBase、PicTar、TargetScan等数据库,筛选上述miRNAs的靶基因;结合我们前期做的新疆卡波氏肉瘤组织基因表达谱芯片的结果,统计分析miRNAs靶基因在KS中表达的趋势,明确在KS发病中起到明显的作用miRNAs类群;生物信息学分析,筛选与KS发病相关的重点miRNAs和基因,缩小研究范围;Real-time PCR和免疫组化验证部分基因在基因芯片中差异表达的结果。
结果:20条人源miRNAs在两次独立芯片实验中共同差异表达(上调3条,下调17条);7条KSHV miRNAs高表达。低表达人源miRNAs多具有抑癌基因作用,高表达的KSHVmiRNAs其预测靶基因多具有抑癌基因作用;显示靶基因表达倾向的RR值分别为1.59(低表达的人源miRNAs)、0.33(高表达的KSHV miRNAs),P<0.001;筛选到MMP14等一些与KS发病重点相关的基因,RT-PCR和免疫组化对其差异表达验证的结果与芯片结果一致。
结论:低表达的人源miRNAs对整个宿主基因的上调以及高表达的KSHV miRNAs对宿主基因的下调都起到明显的作用;miRNAs尤其是KSHVmiRNAs与新疆KS发生发展密切相关,为揭示KS的发生机制提供新的思路和本课题下一步研究奠定了基础。