当代分子遗传学的发展为社会人文科学研究开辟了众多新的领域。20世纪80年代PCR技术的应用与发展，使对古代生物遗骸与遗迹中的DNA研究成为可能，使得古DNA研究成为新兴的多学科的交叉研究领域。本文对新疆且末地区加瓦艾日克墓地春秋战国时期古代人群的母系遗传结构作了较为系统的研究。 本文从25例个体的牙齿中成功提取到了线粒体DNA(mtDNA)，并利用直接测序的方法获得高变区(HVR-Ⅰ and HVR-Ⅱ)序列信息，利用PCR-RFLP结合创新了的等位基因特异性PCR(AS-PCR)技术获得了编码区单倍型特异性单核苷酸多态(SNPs)位点信息。通过与搜集到的13103例世界现代人群的mtDNA序列进行参照比对分析，对所研究样品的单倍群归属进行了准确划分。在可信数据的基础上，对且末古代人群的母系遗传结构进行了分析。结果显示：且末古代人群的基因池中即存在欧亚西部类型(n=15，60％)，也存在欧亚东部类型(n=10，40％)。通过与现代新疆地区人群的比较，发现古代且末人群的遗传成分可能对现代新疆少数民族的遗传组成有贡献。结合考古学和人类学的研究结果，我们推测，在这一古代人群生活的时代或者更早的时期，欧亚东部与西部人群之间可能已经发生了基因交流。 本项研究显示新疆且末古代人群的遗传结构比我们预料的还要复杂，这反映了新疆乃至中亚地区历史的复杂性。但是毫无疑问，古代DNA研究是揭开人类历史神秘面纱非常有用且必不可少的工具。利用古DNA技术研究新疆地区古代人群有助于阐明欧亚大陆人群的迁徙交流历史。