近代学术转型发生在新旧学术的冲突之中,晚清经世思潮的勃兴冲击了中国固有学术的道艺传统,使传统知识分类体系濒临瓦解。近代“科学”观念的传入为重构知识分类提供了方向,引导中国学术通过整理国故重建自己的体系。重构的知识分类彻底打破了中国固有学术的道艺传统,引发学术界对“国学”在学术体系中应处于什么位置和是否具备独立成学资格的思考。存古学堂、北大国学门、无锡国专、灵岩书院是在学术体制变革过程中以“国学”之实或“国学”之名来治学的研究机构,它们各不相同的治学取径,反映了在现代学术体系建立过程中,中国学人对新旧学术冲突的回应。北大国学门以“科学”条理国故的“国学”研究新范式让中西对接成为可能,成为引导学术重建的方向。但它抛弃传统学问价值体系的做法也遭到了无锡国专学人和灵岩书院学人的质疑与反思。“科学”地整理国故要求以价值中立的态度还古人以真面目,但灵岩书院的学术实践却指出:打破传统学术的一元价值,就不可能无遮蔽地还古人真面目。保持学术主体自由是现代社会和现代学术体制对学术的基本要求。但在中国学术体系重建的过程中,家国关怀总是如影随形地影响着学人治学,而引领现代学术体系重建的“国学门”研究范式,在成为学术转型之引领者时又使用了非学术的竞争手段。反而是灵岩书院挣脱学术体制束缚探讨出的治学取径,或可为今日研治中国学问提供启示。