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巨蚓科是陆生蚯蚓中第一大类群，全球广布，已经描述的有1000多种，占全部陆生蚯蚓的1/3，它是大型土壤动物且在土壤食物链中起着重要的作用，有的可作为药材，有的可用于处理废弃物，产生有机肥料。环节动物门是高等无脊椎动物的开始，冈此它的系统学研究不仅具有理论意——弄清无脊椎动物的进化，而且在资源的利用上具有现实意义；其各亚科之间一直存在广泛争议；种类形态学鉴定的争议急需一种客观快速的检测手段；地理分布的研究对将来其地理隔离及起源的研究起到奠定基础的作用。
本研究获得16S和28S各10条基因序列，COl基因序列86条，对DNA序列的碱基组成、氨基酸组成、碱基替换、遗传距离等进行了遗传分析，碱基替换饱和性分析及x<2>检验显示所测定的序列都具有较强的系统发育信号；最大简约法(MP)和贝叶斯系统发育推论(BI)对16S和28S及其联合数据集进行了巨蚓科的系统发育关系重建；相合性(ILD)检验后构建了两数据集系统树的合一树。采用邻接法(NJ)，MP和Bl对COl数据集进行了种类分子鉴定。对COl基因并结合其氨基酸采用MP和Bl法进行了属类地位归属的初探。对全国蚯蚓种类的分布采用SPSS 12．0进行聚类。最后得出如下结论：
1．在28S rDNA中T,C,A,G的平均含量分别为15.3％，17.1％，36.4％，和31.2％。在16S rDNA中T,C,A,G的平均含量分别为25.3％，19.4％，35.0％和20.3％。而在联合数据集中T,C,A,G的平均含量分别为18．9％，26．2％，31．2％和23．7％。转换/颠换为1.21，转换数主要发生在T-C之间，颠换数主要发生在T-A问。碱基替换饱和性分析后发现序列的保守性很强，具有较强的系统发育信号。
2．巨蚓科包括巨蚓亚科、寒宪蚓亚科和八毛蚓亚科，不同于所有形态学的分类体系；荆蚓亚科暂时被排除在外，且应升到科级水平；不认可巨蚓科的单起源；更多序列的分类单元确认巨蚓亚科是多起源；最大的两属，远盲蚓属和腔蚓属，可能是协同进化，但不可能是单起源组群。
3．28种蚯蚓线粒体COI基因T, C，A，G的平均含量分别为31.1％，22.4％，29％和17.5％。A+T的含量(60.1％)明显高于G+C的含量(39.9％)。序列转换/颠换的平均值为1.2；转换的发生主要T-C之间，颠换主要发生在T-A之间；密码子第三位点的替换最多(67.7％)。
4．所有种都用DNA条形码得到成功的分子鉴定，种内变异通常小于1％，而种间变异通常大于15％，种的鉴定阈值为3.3％；尽管DNA条形码不能完全替代形态分类，但它对传统形态分类提供了有用补充；在运用DNA条形码时要考虑地理隔离造成的差异及进化程度的不同造成的影响。
5．分子系统树及形态学特征都表明，直隶环毛蚓应属于腔蚓属而不是远盲蚓属，其学名应为Metaphire tschiliensis tschiliensis(Michealson，1928)。A+T的含量不相同，对于其是否能用于鉴定种值得进一步研究的。而DNA条形码为鉴定属的地位提供了初步尝试。
6．在这306种中，有86种是外来种，其中64％属于亚洲的巨蚓科，21％属于古北界起源的正蚓科。分布于四川的种类最多达94种。有22属(293种)仅分布在一两个区，另外6属(13种)分布较广。远亩蚓属和腔蚓属仅有7个种分布较广，这表明它们有明显的地理分布限制；古北界和东洋界分布的种类分别占总数的20.8％和79.2％，分布模式和其他动物相似。