基于NGS技术探索基因突变对肝内胆管细胞癌预后的影响

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目的通过对肝内胆管细胞癌(Intrahepatic cholangiocarcinoma,ICC)患者的肿瘤组织及血液细胞基因组全序列解析,获取肝内胆管细胞癌患者肿瘤组织基因变异信息;明确肝内胆管细胞癌患者的基因变异信息从而进行肿瘤分子分型。随访统计分析基因突变类型与预后的相关性,为肝内胆管细胞癌的患者分层和个体化诊疗提供有临床应用价值的信息。方法收集湖南省人民医院2017年12月至2020年12月3年期间收治的经术后病理证实肝内胆管细胞患者的资料,筛选出行根治性切除手术患者为研究对象。对符合纳入及排除标准患者通过二代基因测序(Next generation sequencing,NGS)技术进行肿瘤组织以及血液细胞标本全外显子测序,统计患者基因突变分子类型以及突变方式分型(单碱基突变、拷贝数变化等),同时对纳入统计的TP53基因突变患者、CDKN2A基因突变患者及TP53&CDKN2A突变患者进行随访观察,统计随访患者的1年无疾病生存期(Disease free survival,DFS)。使用Kaplan-Meier法描绘生存分析曲线。统计分析纳入随访患者的基因突变类型比较不同突变类型预后的差异。结果1.通过对63例行根治性手术的ICC患者的癌组织及血液细胞进行全外显子测序结果发现:在63个样本中,总共发现541个基因改变。在ICC患者中变异最多的5个基因分别为:TP53基因,突变率为42.9%(27/63);KRAS基因,突变率为33.3%(21/63);CDKN2A基因,突变率为23.8%(15/63);ARID1A基因,突变率为20.6%(13/63);TERT基因,突变率为15.9%(10/63)。检测结果还发现多个基因存在潜在的致癌位点拷贝数变异,例如FRS2(4.7%)、MDM2(4.7%)、CDK12(3.2%)、ERBB2(3.2%)的基因拷贝数扩增;RBM10(11.1%)、PBRM1(6.3%)、BAP1(6.3%)、TGFBER2(6.3%)的缺失以及FGFR2(4.7%)的重排。2.TP53基因突变时患者的1年内无病生存率大约为36.8%,中位DFS平均持续为9.0个月;95%CI为(5.83-12.17);CDKN2A基因突变患者的1年内无病生存率为56.3%,中位DFS持续时间为15.0个月;95%CI(6.32-23.68);TP53基因及CDKN2A基因均发生突变时患者的1年内无病生存率为25.0%,中位DFS平均持续时间为7.0个月;95%CI(3.08-10.92)。结论1、肝内胆管细胞癌患者常见突变基因分子类型包括TP53、KRAS、CDKN2A、ARID1A、TRET。2、肝内胆管细胞癌患者的基因突变除常见的碱基突变外还存在基因拷贝数的变异:常见的有FRS2、MDM2、CDK12、ERBB2的基因拷贝数扩增;RBM10,PBRM1、BAP1、TGFBER2的缺失以及FGFR2的重排。3、肝内胆管细胞癌患者的预后与其癌组织的基因突变分子类型有关。
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