论文部分内容阅读
目的： 对肝癌患者的外周血全基因进行检测并做初步筛选，为外周血基因表达谱诊断早期肝癌打下基础。 材料与方法： 运用Agilent人类全基因芯片对35例肝癌和15例健康对照的外周血全基因表达进行检测，利用Gene Spring11.0软件采用t-test unequal unpaired算法，计算P＜0.05时的差异表达基因并按差异倍数排序。利用聚类分析、GO分析及Pathway分析对差异表达≥2倍的基因进行分析。 结果： 所有样本的RNA与基因芯片质量控制检测全部符合要求。基因芯片分析发现154个显著差异表达的探针组﹙P＜0.05，FC≥2.00或FC≤0.05﹚，其中上调探针组56个，下调探针组98个。对应的差异表达≥2倍的基因有109个，其中表达上调的基因44个，表达下调的基因65个。按差异倍数排序，上调前10位的基因是RPS4Y1、DDX3Y、EIF1AY、TXLNG2P、KDM5D、USP9Y、EIF1AY、RPL36AL、RNF182、NDUFA1，下调前10位的基因是XIST、TSIX、HLA-DRB4、MIR612、PRSS23、PHLDB2、MYBL1、LRRN3、OSBPL10、C5orf28。聚类分析肝细胞癌与健康对照能较好区分。GO分析发现差异表达基因的生物学功能主要与细胞大分子代谢、新陈代谢过程的调控、细胞的氮氧化合物代谢过程的调控、核酸代谢以及细胞的生物合成过程等相关。分子功能主要与转录因子结合、主动跨膜的激活、连接酶的激活以及转录辅阻遏物的激活等有关。Pathway分析显示差异表达基因主要参与T细胞受体信号通路、自然杀伤细胞介导的细胞毒作用通路、RGI-I样受体信号通路、原发性免疫缺陷通路及移植物抗宿主病通路。 结论： 对肝癌患者与健康对照进行外周血全基因表达检测，通过对差异性表达基因（尤其是差异表达≥2倍的前10位基因）的筛选及其聚类、GO和Pathway分析，为肝癌早期诊断数学预测模型的候选基因筛选和进一步的PCR优化与验证奠定了一定基础。