英国学者吉本斯等人研究发现,在传统的学科导向的知识生产模式Ⅰ外,一种面向应用情境中的知识生产新模式正在出现。它从传统的知识生产模式Ⅰ中演化发展而来,与传统的知识生产模式相互补充、相互影响,称之为知识生产模式Ⅱ。因此,根据研究需要和研究条件,本研究以首批入选国家“2011计划”的两个协同创新中心:南京大学牵头的“中国南海研究协同创新中心”（简称“南海中心”）和南京工业大学牵头的“江苏先进生物与化学制造协同创新中心”（简称“生化中心”）为案例,从知识生产模式Ⅱ的视角展开对这两个协同创新中心建设的研究。案例研究通过文献资料收集和半结构性访谈等方式进行。笔者先后对27名相关对象进行了访谈,其中包括南海中心的管理层、平台长、专家学者等14人;生化中心13人,其中包括大学副校长、教授学者和企业经理、政府官员等等。随后对获得的40多小时的原始访谈录音进行初步的整理和编号,按照知识生产模式Ⅱ的理论框架从“应用的情境”、“跨学科研究”、“异质性协作”、“质量控制”、“社会问责与反思”等5个维度将16万字的文字资料进行分类,在此基础上进行研究分析并提出政策建议。案例研究的发现主要有:1.知识生产的新模式初具雏形。南海中心构建了基础研究、应用研究和战略决策研究“三位一体”的知识生产新模式。生化中心建立了“地方引导、大学运营、企业参与”的区域协同创新的知识生产新模式。2011协同创新中心的知识生产新模式在动力、组织和质量控制等方面与吉本斯等人提出的知识生产模式Ⅱ呈现出明显的差异。2.异质性协作成功的三要素是信任、互利和需求牵引。其中信任是基础、互利是关键、需求是动力。3.学术发展空间和学术利益的再分配是影响跨学科研究的主要因素。学术发展空间的多少、学术转型的成本与收益、学术地位的变迁等因素影响研究人员的行为选择。4.大学校长的视界和担当是中心质量控制的关键。大学校长是国家高等教育体系的中层,只有“中层担纲”,才能丰富和落实2011计划的“顶层设计”,才能发现和集聚2011中心的“基层创新”,才能完成高等教育改革发展和质量提升的历史使命。5.在面向应用情境的知识生产活动中,大学的三大职能在悄然变迁。表现为人才培养的方式、内容和评价标准的改变,科学研究的方向、组织、场所、团队和评价的改革,社会服务职能中经济功能的重要性的提升。案例研究的对策建议主要是:1.面向应用的知识生产需要中心、大学和社会三重体制的协同创新。一方面需要赋予中心更多的话语权和自主权,推动中心的实体化运作;另一方面,需要国家层面更多的配套改革和支持。第三,中心可在借鉴胡佛研究所、北卡三角科技园等国外创新平台成功经验的基础上,建立中心与大学、中心-大学-政府之间的良性互动机制和协同创新模式。2.通过“上下协同、综合推进”的路径增进异质性协作。特别要重视教育主管部门和国家部委、地方政府之间的协作,教育主管部门不仅是2011计划的领导者、推动者、管理者,更应是协同者和创新者。3.建立学术伙伴计划,明晰跨学科研究的学术利益来调动科研人员进行跨学科研究的积极性。4.兼容的激励制度和变革型领导不可或缺。一方面改变中心现行制度与学术共同体不兼容的问题;另一方面,通过完善中心的社会声誉激励制度,形成完整的激励体系;第三,要选拔变革型领导充实到中心的建设中。5.契约合作构建新型政府与大学的关系。一方面通过契约合作,明确各方的利益和需求并细化落实;另一方面,需要强化合作组织的建设;第三,政府的角色要从主导者向合作者转变。6.扩展大学的社会服务职能,推动大学成为名副其实的社会轴心机构。尤其是重视扩展大学社会服务中的经济功能。