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海洋贝类现今的遗传格局是各种内外因素在不同时空尺度综合作用的结果,研究海洋贝类群体遗传学有助于揭示贝类的遗传多样性和遗传结构现状。巨蛎属(Crassostrea)牡蛎是我国沿海的重要经济贝类,本研究以四个主要的经济种类为研究对象,采用mtDNA COI序列分析其自然群体的遗传结构和种群动态,以期为我国牡蛎资源的保护和可持续利用提供科学依据。主要研究结果如下：1.长牡蛎群体遗传结构分析利用mtCOI序列分析了分布在东亚沿海12个长牡蛎(Crassostrea gigas)群体的228个样品,结果检测到长牡蛎群体具有中等水平的单倍型多样度和低水平的核苷酸多样度；群体间不存在显著的遗传结构,仅个别中国群体和日本群体间出现低程度的遗传分化,表明群体间存在频繁的基因交流；种群历史动态分析表明大约5.1～4.2万年前,长牡蛎经历了群体扩张事件。结果强调了栖息地的重新殖化(第四纪晚期冰期后的群体扩张)和当前基因流(幼体扩散、海流推动)对东亚沿海长牡蛎现今的遗传格局有重要作用,表明所研究的牡蛎均起源于冰期的东海避难所,同属“东海谱系”。2.葡萄牙牡蛎群体遗传结构分析对浙闽沿海5个葡萄牙牡蛎(C.angulata)自然群体的遗传结构及其种群历史进行mtCOI序列分析,结果表明,葡萄牙牡蛎群体的遗传多样性处于较高水平；群体间没有表现出明显的群体遗传结构,但宁德群体与其他群体间存在显著的低程度遗传差异；葡萄牙牡蛎在更新世第三次间冰期时经历了群体扩张。研究表明,对于成体固着生活的葡萄牙牡蛎来说,较长的浮游期以及幼体在海流作用下的自然扩散很可能是群体没有显著遗传结构的原因,宁德群体的分化可能归因于其对“封闭”的地理位置(外围存在多种海湾和岛屿)。3.有名巨牡蛎群体遗传结构分析采用mtCOI标记对西北太平洋沿海10个有名巨牡蛎(C. ariakensis)的230个个体进行研究,在种内检测到了2个显著分化的系统发育分支,分布对应北方和南方群体；所有群体存在显著的IBD模式。推测源自长江的巨大淡水流很可能是阻碍其幼体扩散的天然屏障,但其确切的屏障效应还有待进一步研究；就南海谱系而言,未检测到雷州半岛的阻隔效应,推测该区域的夏季上升流和频繁的苗种异地交流可能对其遗传均质性起到一定作用。考虑到两个支系存在较大的遗传隔离,建议在今后的资源利用和管理中,应注意将两个支系进行区分,以免造成人为的基因渗透以及进化支系和遗传多样性的丧失。4.香港巨牡蛎群体遗传结构分析利用mtCOI标记对分布在长江以南沿海的7个香港巨牡蛎(C. hongkongensis)群体进行分析,结果表明,无论在不同海区间还是在雷州半岛两侧,均未检测到显著的遗传异质性,仅部分群体间存在显著的低水平遗传差异：群体动态分析显示香港巨牡蛎群体经历了近期群体扩张事件,时间约在4.0到4.8万年前。推测频繁的苗种异地交流是造成其遗传均质性的主要影响因素,同时近岸的夏季上升流和沿岸流也起了重要的作用。