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背景与目的:纤维肌痛（Fibromyalgia,FM）是常见的慢性疼痛疾病之一,人群患病率约2-4%,多见于中年女性。目前其发病机理仍存在争议,治疗方法及疗效仍不能令人满意,FM会严重影响患者的工作和生活质量,甚至使其丧失劳动能力,从而对社会造成巨大的经济损失。FM患者常合并存在偏头痛、肠易激综合症和抑郁症,特别是纤维肌痛偏头痛共病（Fibromyalgia migraine comorbidity,FMMC）的患者生活质量更低、治疗更困难、预后更差。本研究利用生物信息学分析探究FM及FMMC潜在发病相关的基因与功能通路,为FM及FMMC发病分子机制研究及防治靶点探究提供思路。材料与方法:基于FM和正常对照受试者血液样本芯片数据集（GSE67311,GSE65033）分析寻找两组间差异表达的基因（DEG）和mi RNA（DEM）,接着进行差异基因的功能通路富集分析,同时基于基因表达谱芯片进行基因集富集分析（GSEA）。利用mi RNet数据库预测部分mi RNA下游靶基因并从比较毒物基因组学数据库（CTD）找到FM相关的基因,然后构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络并从中鉴定关键模块。结合DEG、mi RNA预测基因、CTD中FM相关基因及关键模块分析找到FM相关的关键基因与候选基因。再利用CTD分析候选基因与肌肉骨骼疾病、精神障碍、免疫系统疾病的相关性;候选基因与FM的相关性推理分数;常用治疗药物如普瑞巴林、米那普仑、阿米替林的治疗相关基因;同时分析候选基因在脑细胞表达情况;最后构建FM发病潜在的mi RNA-m RNA调控网络。类似的,我们从GSE67311数据集61例FM患者血样中选取30例FMMC与31例无偏头痛共病数据,基于加权基因共表达网络分析（WGCNA）找到FMMC关键模块并从中筛选到关键基因,利用CTD分析了基因与偏头痛的相关性,同时分析了FMMC相关的富集通路。结果:GSE67311数据集FM组相比对照组共1499个基因差异表达（P<0.05）,其中根据阈值|log2FC|>0.2筛选,共102个基因上调,46个基因下调;GSE65033数据集FM组共有206个mi RNA下调,15个上调（P<0.05,|log2FC|>1）。功能通路分析提示差异基因富集erythrocyte differentiation（红细胞分化）,positive regulation of leukocyte degranulation（白细胞脱粒的正向调节）,immune system development（免疫系统发育）,ion homeostasis（离子稳态）,Ig E receptor activity（Ig E受体活性）,immunoglobulin receptor activity（免疫球蛋白受体活性）等;GSEA分析显示GO＿GLIAL＿CELL＿ACTIVATION（胶质细胞激活）、KEGG＿TGF＿BETA＿SIGNALING＿PATHWAY（TGF-β信号通路）等条目富集。上调mi RNA分子hsa-mi R-19a-5p预测109个靶基因。CD38、GATM、HDC、FOS作为候选基因重点分析。CTD分析发现候选基因与纤维肌痛、睡眠障碍、抑郁、免疫系统疾病等存在相关性。大脑细胞表达定位分析发现CD38、FOS主要表达定位在星形胶质细胞,GATM、HDC主要定位在小胶质细胞。CTD分析发现FM常用治疗药物（普瑞巴林、米那普仑、阿米替林等）潜在作用相关基因,同时发现目前具有治疗多种疾病前景的药物二甲双胍治疗相关基因与FM相关基因存在部分重叠。最终成功构建FM发病潜在mi RNA-m RNA调控网络,如hsa-mi R-126-5p/GATM、hsa-mi R-19a-5p/CD38。FMMC组相比无偏头痛共病组有136个基因上调,383个基因下调（P<0.05）;WGCNA筛选到FMMC相关模块基因富集于cellular polysaccharide metabolic process（细胞多糖代谢过程）、voltage-gated calcium channel activity（电压门控钙通道活性）、Renin-angiotensin system（肾素-血管紧张素系统）、MAPK signaling pathway、Chemokine signaling pathway;筛选到AGTR1、WASL等9个关键基因。结论:生信分析有助于FM及FMMC发病分子机制研究。我们发现FM患者相比正常对照受试者血液存在DEG和DEM,并找到FM相关的基因和功能通路,进而筛选到候选基因CD38、GATM、HDC、FOS,这些分子及通路可能在FM发病的病理生理学过程扮演重要作用,值得进一步研究。FMMC患者相比无偏头痛共病FM患者存在DEG及功能富集条目,GTR1、WASL等基因在FMMC潜在发病中的作用值得深入探究。