目的：对分离于和田地区不同临床表现的头癣患儿的26株犬小孢子菌采用ISSR-PCR技术进行基因分型,分析了该地区犬小孢子菌菌的基因多态性,并证实了ISSR-PCR技术对犬小孢子菌的基因分型研究是可行性方法。方法：对355例拟诊为头癣的患者标本进行培养,根据形态学及分子生物学方法确切鉴定为犬小孢子菌菌的26株菌株采用ISSR-PCR方法,用引物CCA及ACA进行基因分型,分析其基因多态性。结果：355例头癣患者中犬小孢子菌感染患者26例。引物CCA26株菌分为17个基因型,引物ACA分为5个基因型。26个头癣患儿临床表现为白癣样表现和少数脓癣,基因型与临床类型无相关性。结论：分离于不同临床表现的头癣患儿的26株犬小孢子菌菌分为17个基因型,表明犬小孢子菌菌并非是高度基因同源性的菌种,ISSR-PCR法结合引物CCA是犬小孢子菌菌基因分型的简易而可行性方法。该方法对犬小孢子菌菌导致头癣的治疗随访和寻找病情复发的原因提供有力手段。