自2003年新型农村合作医疗制度建立以来,面临着农村居民医疗保健需要的结构性转变,乡镇卫生院的功能定位也相应地发生了一系列客观变化。面对这一些列的变化,乡镇卫生院该怎样重新定位,又如何应对这一系列变化带来的机遇和挑战呢?本文主要通过关于农村合作医疗的文献搜集和对Z县的实地调研,并结合路径依赖理论、公共产品理论和社会保障制度,对以上问题做出尝试性的解答。通过调研分析得出,社会经济的发展推动了当前农村居民的医疗需求逐渐向更高层次的预防保健需求提升,而新农合制度的实行又给乡镇卫生院提出功能转型的客观要求。要破解当前乡镇卫生院的资金和人力资源的路径依赖困境困境,解决发展过程中面临的诸多挑战,本文给出如下对策。首先,必须实现三个转变,即功能定位向卫生保健转变、逐渐向农村社区医疗服务转变、专科医生向全科医生的转变；其次,加强乡镇卫生院体制内建设,坚持政府主导,推进“大病统筹”与农村医疗救助制度相结合；最后,通过管理制度和服务水平的革新,提升卫生院的综合实力。