早在上个世纪70 年代中期，Bernardi 和他的同行们在对牛的基因组作密度梯度离心试验时，发现哺乳动物基因组（包括人类基因组）具有mosaic 结构，称为isochore。所谓isochore其中文意思是：基因组是由一些较长的大片段组成，在这些长度至少为200kb 的大片段DNA 序列中，GC 含量相对均匀，而在这些大片段的两端GC 含量是跃变的，而不是渐变的。许多重要的生物特性都与基因组的isochore 结构密切相关。 人类基因组测序工作的完成，为在序列水平上研究基因组的isochore 结构提供了条件。 本论文采用滑动双窗口模型结合小波多尺度分析理论识别isochore 的边界。研究对象包括人类组织相容性复合体（MHC）序列、21、22 和Y 染色体最长的contig。分析结果显示，MHC 序列中isochore ClassIII 和isochore Class II 的分界点位于2,485,798 bp 处，该结果同实验数据吻合得相当好。这一结果表明双窗口模型在基因组分析中是一个有效的工具。 论文第一章简单介绍了人类基因组计划和相关的生物学知识，并阐述了生物信息学产生的背景。 论文第二章介绍双窗口模型方法的原理。 论文第三章介绍小波多尺度分析理论。小波多尺度分析是分析非平稳信号的有效工具。利用多尺度分析可以消除原始信号中的噪声，提取信号的主要特征量，使整体范围内的跃变信号凸现出来。 论文第四章分析了人类主要组织相容性复合体（MHC）序列、21、22 和Y 染色体以及21、22 号染色体最大contig 的isochore 结构。 论文第五章介绍了微生物基因识别的常用软件和肠细菌的毒力岛知识。