利用LibSVM对pre-miRNA预测探索及其web平台的构建

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MiRNAs 是一类22个碱基长的非编码蛋白序列,它能在转录后水平上发挥重要的调节表达作用。茎环结构是miRNA前体(pre-miRNA)的重要特征,然而在许多基因组中存在大量类似茎环结构的序列,如何正确的区分它们值得我们进行研究。目前利用生物信息学预测pre-miRNA的方法主要有两类:一类是基于同源性的方法,另一类是基于机器学习的方法,前者主要是根据pre-miRNA的保守性以现有pre-miRNA推测未知pre-miRNA,但对进化关系较远的物种效果较差,后者则是基于茎环结构的特征来预测pre-miRNA,准确率较高。 本论文主要是在Triplet-SVM-classifier法的基础上增加17个特征,利用机器学习方法—LibSVM软件包对pre-miRNA进行预测和探索。主要由两部分组成: 第一部分是利用LibSVM进行pre-miRNA预测和探索,第二部分是构建利用LibSVM预测pre-miRNA的web平台。 我们提取了pre-miRNA的特征49个,包括局部连续的结构序列特征,GC含量,单个碱基的自由能,茎环结构序列的长度,左右臂长度差,环的长度,泡的长度,泡的个数,碱基匹配数,匹配率,碱基匹配总个数占序列长度的比例,尾巴长度占序列长度的比例,AU、GC、GU占碱基匹配数的比例及Z曲线的3维斜率K,分别选取32个局部特征、17个全局特征和所有49个特征利用Libsvm训练出3个model文件,并用产生的model文件对8个测试集进行预测,结果表明选取49个特征预测的准确率比32个局部特征更高;另外,我们还对各特征的重要性进行了初步分析,发现我们新增加的 17 个全局特征确实能辨别pre-miRNA和类似pre-miRNA的茎环结构序列,至于本质特征还有待挖掘。 本论文的第二部分是构建了利用LibSVM预测pre-miRNA的web平台,综合利用了Perl,Perl CGI,Apache及Html语言,实现了利用LibSVM自动预测pre-miRNA,操作简单快速,界面友好,避免了使用LibSVM时采取命令行的形式,并且提供了对各特征量化值的下载,以便用于其他软件的分析。用户也可以选取不同的特征组合,从而比较不同model文件的预测结果。
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