在该论文中,作者首先简单介绍了蛋白质结构与功能的一些必要的基本知识,指出对 蛋白质折叠的理论和计算研究的必要性,进而作者概述了蛋白质结构预测和折叠研究 领域的大致情况和最新进展,对这个领域的基本问题作了简要的叙述,提出了一些自 己的观点.作者认为蛋白质自然构象的拓扑结构是决定蛋白质序列可折叠性的决定性 要素.基于这一认识,作者通过合理的移动集合,引出动力学近邻的概念,用构象网 络表示构象空间的动力学结构.通过分析PDB中已知蛋白质的结构和Mote Carlo模拟,作者发现蛋白质结构具有开放性,端基表面效应会导致开放性.此外,按照Metropol is算法,在达到精细平衡时,各构象的占据几率与其最近邻数目成正比.由此可见, 自然构象的开放性在动力学和热力学上对蛋白质折叠极其有利,是蛋白质结构的基本 物征.基于Metropolis方案,作者提出一种新的方案,它能更有效地脱离局域势阱的 束缚,模拟效率高于一般的Metropolis方案.作者利用谐性平均场近似,也能较好地 解决局域势阱问题.此外,作者对短肽折叠和二硫键的作用作了一些研究,并将并行 回火方案和熵取样Mote carlo方案引入简单晶格模型,将并行回火方案和新MC方案结 合,对后者也作了改进.