本研究采用两种分子遗传标记的方法分析南海海域常见笛鲷的遗传多样性及系统分化。 （一）采用微卫星DNA-PCR-聚丙烯酰胺凝胶电泳技术，从20对已发表的西大西洋笛鲷的微卫星引物中，筛选能用于红笛鲷、约氏笛鲷、勒氏笛鲷、紫红笛鲷基因组分析的微卫星引物，分析四种笛鲷的遗传多样性及遗传距离。 1. 经过反应条件的优化，共筛选得到17对适用的微卫星引物。其中16对（80％）能在约氏笛鲷、勒氏笛鲷、紫红笛鲷基因组中扩增出重复性好的特异性条带，分别有65％、65％、60％表现出种内多态；筛选到15对（75％）能在红笛鲷中扩增出重复性好的特异性条带，并且全部呈现出种内多态。 2. 筛选到的17对微卫星引物中，引物2只在约氏笛鲷群体中能扩增出稳定的特异性条带；可作为约氏笛鲷的特异性分子标记；引物17在紫红笛鲷、勒氏笛鲷、约氏笛鲷群体中都能稳定扩增，得到特异性条带，而在红笛鲷中却不能可作为红笛鲷与其他三种笛鲷区分的特异性分子标记。 3. 本研究中，低度多态基因座占可用引物的26.76％；中度多态基因座占可用引物的28.55％；高度多态基因座占可用引物的44.69％。四种笛鲷检测的14个微卫星位点中，平均杂合度总体上水平较大，如Loc15为0.638～0.766，Loc1为0.522～0.798，说明其多态性较高。 4. 用Ds和DA两种方法计算四种笛鲷的遗传距离，并构建系统分化树。Ds计算的结果为 勒氏笛鲷与紫红笛鲷的遗传距离最远，为0.5265；红笛鲷与紫红笛鲷的遗传距离最近，为0.2908；其他的在0.3317-0.5112之间。DA计算的结果为，勒氏笛鲷与紫红笛鲷的遗传距离最远，为0.5014；红笛鲷与紫红笛鲷的遗传距离最近，为0.3885；其他的在0.3950-0.4566之间。根据Ds和DA两种方法算出来的遗传距离构建的系统分化树是基本一致的。 （二）采用PCR-DNA测序技术，对红笛鲷、约氏笛鲷、勒氏笛鲷、紫红笛鲷细胞色素b（Cyt b）基因部分序列进行分析。 1. 通过BLAST比较显示扩增得到的序列与GENBANK中的其他种的Cyt b基因序列有很好的同源性，表明所得的序列为目标序列。向GENEBANK递交四种笛鲷的Cyt b基因部分序列，序列号为红笛鲷：AY590146，约氏笛鲷：AY590147，勒氏笛鲷：AY501369，紫红笛鲷：AY590148。 2. 序列碱基组成的结果显示，总体上C的含量明显高于A、T、G；G的含量最低；％A+T与％C+G大致均衡。本研究中四种笛鲷的种间碱基组成差别不大。四个种的Cytb基因部分序列的碱基置换为TS=153，TV=101，频率R=1.52。 3. DNA同源度处于在86.4％～88.2％之间，同源度较高。从系统树可见红笛鲷与紫红笛鲷的遗传距离最近，聚为一支，其次是勒氏笛鲷，约氏笛鲷最远。结果与微卫星DNA分析出来的NJ树不一致，但是与本实验室肖翔利用线粒体DNA限制性片段长度多态（mtDNA-RFLP）构建的系统分化树是一致的。这说明线粒体在遗传分化上与基因组DNA的进化速度存在一定的差异，而mtDNA-RFLP 方法和mtDNA PCR-测序方法的研究结果一致证明了此研究的可靠性和稳定性。