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苜蓿属（Medicago L.）植物多为重要的牧草作物，被世界各地广泛引种栽培。本论文采用细胞遗传学的方法对苜蓿近缘种属植物染色体的重复序列组成和分布做了比较研究，并利用该属植物基因组中的重复序列开发了新的荧光原位杂交探针。主要研究结果与结论如下: (1)11个重复序列在三个紫花苜蓿复合体亚种中的FISH定位结果表明:MsCR-1、MsCR-2、MsCR-3、MsCR-4和MsCR-5分别在二倍体蓝花苜蓿(PI464715)的14、8、6、10条和9条染色体的近着丝粒区有信号分布，分别在二倍体黄花苜蓿(PI631808)的16、10、0-1、9条和8条染色体的近着丝粒区有信号分布，分别在四倍体黄花苜蓿(XiaNH-072X-824)的30、16-17、7-8、18条和16-17条染色体的近着丝粒区有信号分布;MsTR-1、克隆65和克隆74都在二倍体蓝花苜蓿12-13条染色体的近端粒区有信号分布，都在二倍体黄花苜蓿1条染色体的近端粒区有信号分布，都在四倍体黄花苜蓿的13或17条染色体的近端粒区有信号分布;E180、克隆68和克隆87分别在二倍体蓝花苜蓿的16条、15条和14条染色体上有多种不同的信号分布，主要在二倍体黄花苜蓿的10-11、16条和16条染色体的近着丝粒区有信号分布，分别在四倍体黄花苜蓿的23-24条、29条和32条染色体上有多种不同的信号分布。 利用两种探针组合对4个二倍体蓝花苜蓿材料、4个二倍体黄花苜蓿材料和6个四倍体黄花苜蓿材料的FISH定位研究发现，各探针序列在二倍体蓝花苜蓿材料间的染色体分布相对保守，在二倍体黄花苜蓿材料和四倍体黄花苜蓿材料间的染色体分布存在较大变异。随后，构建了二倍体蓝花苜蓿详细的分子核型及二倍体黄花苜蓿和四倍体黄花苜蓿的FISH带型图。 二倍体蓝花苜蓿和二倍体黄花苜蓿的比较结果发现这两个亚种的异染色质组成存在差异。紫花苜蓿复合体中二倍体亚种与四倍体亚种的比较结果支持四倍体紫花苜蓿单一起源于二倍体蓝花苜蓿，而四倍体黄花苜蓿可能不是由二倍体黄花苜蓿单一起源的同源四倍体。通过模拟二倍体蓝花苜蓿到四倍体紫花苜蓿的染色体加倍过程，推测了二倍体多倍化过程中可能发生的染色体结构变化。 (2)比较了5个着丝粒区重复序列(MsCR-1、MsCR-2、MsCR-3、MsCR-4和MsCR-5)在13个苜蓿近缘种属物种基因组中的组成和染色体的定位。结果发现5个位于四倍体紫花苜蓿染色体着丝粒区的重复序列家族在13个材料的基因组中保守存在。但是，5个重复序列的重复单元在13个材料间的序列组成的保守性存在差异。13个材料间的MsCR-1家族的重复单元的相似度为63.77％、MsCR-2家族的重复单元的相似度为76.92％、MsCR-3家族的重复单元的相似度为93.08％、MsCR-4家族的重复单元的相似度为58.74％和MsCR-5家族的重复单元的相似度为57.79％。 5个着丝粒区重复序列的染色体定位结果表明:5个着丝粒区重复序列在三个近缘属物种（草木犀、白车轴草和假苜蓿）的染色体上都没有信号分布;MsCR-1分别在天蓝苜蓿、毛荚苜蓿、花苜蓿、南苜蓿、小苜蓿和蒺藜苜蓿的16、12、16、14、8条和0条染色体的近着丝粒区有信号分布;MsCR-2分别在天蓝苜蓿、毛荚苜蓿、花苜蓿、南苜蓿、小苜蓿和蒺藜苜蓿的16、10、3、4、8、0条染色体的近着丝粒区有信号分布;MsCR-3分别在天蓝苜蓿、毛荚苜蓿、花苜蓿、南苜蓿、小苜蓿和蒺藜苜蓿的0、10、4、0、16条和16条染色体的近着丝粒区有信号分布;MsCR-4分别在天蓝苜蓿、毛荚苜蓿、花苜蓿、南苜蓿、小苜蓿和蒺藜苜蓿的16、10、3、8、8条和2条染色体的近着丝粒区有信号分布;MsCR-5分别在天蓝苜蓿、毛荚苜蓿、花苜蓿、南苜蓿、小苜蓿和蒺藜苜蓿的16、10、1、5、10条和2条染色体的近着丝粒区有信号分布。 5个着丝粒区域重复序列在苜蓿属物种间的组成和定位的比较结果发现，各重复序列家族在苜蓿属物种间不仅发生了序列变异而且发生了拷贝数量的变化。重复序列家族通过这两种方式在各物种间形成了特有的着丝粒区重复序列家族组成特征。 (3)利用四倍体紫花苜蓿基因组中的重复序列开发了7个新的寡核苷酸探针。以其中3个寡核苷酸探针组合的荧光带型结合染色体的相对臂长和臂比值信息可以对紫花苜蓿染色体进行识别。这为苜蓿比较细胞遗传学研究提供了一个更加简单省力的工具。