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目的:测定石杉亚科(Huperzioideae)植物中石杉碱甲、石杉碱乙含量,探寻石杉亚科植物可持续利用资源;探讨马尾杉属(Phlegmariurus)植物系统关系与遗传结构,分析马尾杉属植物遗传多样性。方法:利用HPLC法同时测定石杉亚科植物石杉碱甲、石杉碱乙含量,利用单因素方差分析比较不同种含量上的差异;筛选6对叶绿体基因引物对14种中国马尾杉属植物进行扩增,测序结果经比对和校正后用最大似然法和贝叶斯法构建系统发育树,利用分子系统学的方法分析马尾杉属系统关系。结果:1、试验测定的石杉亚科植物样品68份,包含20个物种,其中65份含有石杉碱甲,58份含有石杉碱乙;20种石杉亚科植物中,喜马拉雅马尾杉(Phlegmariurus hamiltonii)中石杉碱甲含量最高,平均含量为达0.18487%,柳杉叶马尾杉(P.cryptomerianus)次之,达0.15116%,小杉兰(Huperzia selago)与粗糙马尾杉(P.squarrosus)中石杉碱甲含量极低;细茎马尾杉(P.gracilicaulis)中石杉碱乙平均含量最高为0.03536%,其次是蛇足石杉(H.serrata)为0.02121%。2、马尾杉属植物在叶绿体基因中有较大的变异,基于6个叶绿体基因片段构建的中国马尾杉属分子系统树显示马尾杉属为单系,中国马尾杉属内可分为4个类群,柳杉叶马尾杉、闽浙马尾杉(P.minchegensis)、华南马尾杉(P.austrosinicus)、有柄马尾杉(P.petiolatus)聚为一类,金丝条马尾杉(P.fargesii)与云南马尾杉(P.yunnanensis)聚为一类,广东马尾杉(P.guangdongensis)、粗糙马尾杉、上思马尾杉(P.shangsiensis)、椭圆马尾杉(P.henryi)、福氏马尾杉(P.fordii)聚为一类,龙骨马尾杉(P.carinatus)、马尾杉(P.phlegmaria)、柔软马尾杉(P.salvinioides)聚为一类。结论:1、本试验20种石杉亚科植物均含有石杉碱甲、石杉碱乙,不同物种之间含量有差异,石杉亚科植物资源匮乏,野生资源应该被大力保护,可通过本试验结果选择优势类群利用组织培养、人工种植等方法获得可持续利用资源。2、中国马尾杉属植物间分子系统关系不支持基于形态学的分组结果,属下分类关系应结合分子系统学与形态学重新讨论。14种中国马尾杉属植物都为独立分类群,这对于确定濒危物种的保护级别,确定优先保护单元具有重要意义。