甲型肝炎是由甲型肝炎病毒(Hepatitis A Virus,HAV)引起的传染性疾病,目前在我国属于乙类传染病,只具有一个血清型,但可以分为六种基因型,主要通过粪-口途径传播。通过对散发或爆发病例中甲肝病毒的序列进行分析,从而为甲肝溯源研究提供有力的技术和理论支持。本实验从2006-2009年收集于我国五个不同地区的五份甲肝患者血清中提取核酸,分片段对全基因组进行扩增,并对扩增产物进行序列测定,再分别进行同源性比较、系统进化分析、抗原中和位点变异情况、选择压力变化、重组事件及分子进化等方面的分析。同源性比较发现在核苷酸和氨基酸水平,5条序列均与IA亚型参考株同源性最高,且5条序列间同源性也较高；基于全基因组和分片段的系统进化分析结果均显示5条序列均属于IA亚型进化分支,但在不同片段存在一定的差异；对VP3. VPl区域内常见抗原中和位点进行分析,并未在已知抗原中和位点处发现氨基酸变异,但紧邻抗原中和位点处有氨基酸变异的发生；选择压力分析显示dN/dS平均值远小于1,表明病毒株正经历负向选择,且负向选择位点主要集中在非结构蛋白编码区；重组分析未发现基因型间的重组,但在参考序列中发现了IA、IB亚型间的重组,其中有一个重组是之前没有报道的,Simplot软件分析发现本实验所得的序列中有4条序列在5’UTR(非编码区)具有亚型内重组信号,并且随着HAV全序列数据库的不断丰富,未来可能会检测出更多重组事件；运用BEAST进行分子进化分析发现亚洲地区的HAV的平均替换率为3.64×104/site/year,最早共同祖先约是在1055年前,世界范围内I型病毒株的平均替换率为3.19×104/site/year,最早共同祖先约是266年前。本实验通过对我国甲肝病毒全基因组序列进行分析,使我们了解目前我国甲肝流行主要是以IA亚型为主,其氨基酸序列特别是抗原中和位点处高度保守,病毒株属于正经历负向选择压力,某些区域可能具有亚型内重组的现象,同时也对我国HAV的进化有了一定的了解,该研究为全而了解我国乃至亚洲地区的HAV进化提供了基础,有利于未来更好的开展甲肝分子流病研究。病毒准种及种群动态分布与病毒耐药性、跨物种传播等方面存在密切联系,但目前关于甲肝病毒准种分布的研究还相对较少,并且主要集中在VP3、VP1等结构蛋白编码区,为了进一步了解我国甲型肝炎患者体内准种变异情况,以及全基因组水平的准种分布情况,本实验进一步对多个患者体内HAV准种进行了克隆分析。第二部分的研究又分为2部分,首先用2005-2007年三份的甲肝急性期患者血清进行VP3-VP1-2A片段的准种分析,再使用全基因组分析中的TD51样品进行全基因组分区段准种分析,分析内容主要包括病毒株的系统进化关系、各片段核苷酸和氨基酸变异率、标准香农熵以及各克隆间相似度等。实验结果显示在VP1-2A片段,三条序列在系统进化树上均属于IA亚型的分支,对每个样品每片段的20个克隆进行分析,结果显示各克隆间核苷酸序列间的相似度至少为98.7%,氨基酸序列间相似度也超过了96.1%,三个临床样品的核苷酸变异率为7.22×10-4到2.33x10-3,氨基酸变异率为1.55×10-3到5.04×10-3,核苷酸序列香农熵范围为0.38-0.98,氨基酸序列香农熵范围为0.26-0.77,本研究还在2株克隆的抗原中和位点处发现了氨基酸变异现象,还有部分克隆出现了片段丢失,而该区域正包含抗原中和位点。对TD51号样品全基因组分8个片段进行分析,其核苷酸变异率为7.26x10-4～2.30x10-3,氨基酸变异率为1.38x10-3～4.27x10-3,核苷酸和氨基酸标准香农熵均为0.65-1.00,该样品各个克隆的抗原中和位点处均未观察到氨基酸变异。本研究证实了我国甲肝患者体内存在准种的分布,克隆间多只是在一个核苷酸或氨基酸位点发生了变异,但发生在序列的不同位置,有的克隆中出现了片段缺失和插入的现象,并且不同病人间或同一个病人不同片段间也存在一定的分布差异,同时在多个克隆中发现抗原中和位点氨基酸突变的现象,该突变是否会影响中和抗体反应仍值得进一步的关注。全基因组准种研究表明不同片段间核苷酸变异率相差较大,变异率较高的区域主要集中在非结构蛋白编码区。本研究首次在甲肝病毒全基因水平进行了准种分析,为进一步开展甲肝病毒准种分布的研究提供了一定依据。综合两部分实验结果,该研究使我们对我国目前的甲肝的基因型分布、选择压力、抗原中和位点变异、重组现状、分子进化有了一定的认识,并初步分析了亚洲地区各基因型和世界范围基因I型的分子进化水平,为以后进一步开展甲肝的分子流行病学研究提供了参考。同时本研究还对我国甲肝患者体内VP3-VP1-2A区域准种分布和全基因组准种分布进行了探讨,使我们对甲肝病毒全基因组水平各区域的准种分布有了一定认识,为以后相关的准种研究提供了基础。