内生真菌（endophytic fungi）是指其生活周期的某一阶段或全部阶段寄生在生物（植物、动物等）组织内部,但不会使寄主产生明显病症的一类真菌。各项研究表明,内生真菌在大自然中分布范围广泛,其产生的次生代谢产物结构各异,具有巨大的研究潜力,是发现结构新颖、活性显著的药用化合物的重要来源。本论文从江苏南京方山银杏叶（Ginkgo biloba）和新疆传统药物刺山柑（Capparis L.）分离获得了两株内生真菌,并对其次生代谢产物进行了深入研究。利用硅胶、TLC、ODS反相柱、Sephadex LH-20、LC-MS和HPLC等色谱分离技术分离得到19个化合物,并综合通过各种波谱方法（IR、HRMS、1H NMR、13C NMR、HMQC、1H-1HCOSY、HMBC 和 NOESY 等）以及 X-ray单晶衍射技术成功鉴定了其中19个化合物的结构,8个为新化合物,两个为新骨架化合物。对部分化合物进行了抗菌、抗炎、细胞毒及乙酰胆碱酯酶抑制活性等的筛选,详细结果如下:从一株分自江苏南京方山银杏叶（Ginkgo biloba）的内生菌Curvularia sp.Y12的液体发酵产物中分离了 7个化合物,并鉴定了其中的7个化合物（1-7）,其中3个为新化合物（1,4,7）,对新化合物（1,4,7）,进行了细胞毒活性、抗菌活性、抗炎活性和乙酰胆碱酯酶抑制活性等药理模型筛选,结果显示在10 μM的剂量下未显示明显活性。从一株分自新疆植物刺山柑中（Cappporis spinosa L.）的内生真菌Alternaria alternate L-10的液体发酵产物中分离得到了 12个化合物,并鉴定了其中12个化合物的结构（8-19）,新化合物5个（15-19）,其中2个为新骨架化合物（18,19）,对新化合物进行了细胞毒活性、抗菌抗炎活性、黄嘌呤氧化酶抑制剂活性、乙酰胆碱酯酶抑制活性和抗炎活性等药理模型活性筛选,筛选到3个化合物对HT-29、A549、HepG-2具有微弱的细胞毒活性。其中化合物17对临床病原菌铜绿假单胞菌P.Aeruginosa具有比较好的抑制活性,MIC为5.01μM。本工作表明,内生真菌作为新的天然药用产物的重要来源,不仅丰富了天然产物的结构类型,确证的活性化合物为相关新药先导化合物的发现与优化提供了源头分子。此外,本文对动植物内生真菌的次生代谢产物研究作了综述。