重组酶聚合酶扩增(RPA)技术在小反刍兽疫病毒快速检测中的应用

来源 :沈阳农业大学 | 被引量 : 2次 | 上传用户:YGLDY1989
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小反刍兽疫(Peste des petites ruminants,PPR)是由小反刍兽疫病毒(Peste des petites ruminants virus,PPRV)引起的一种急性接触性传染病,山羊、绵羊和野生小反刍兽都是该病毒的易感动物。PPR于1942年首次正式报道,爆发于非洲科特迪瓦地区,在这之后疫情迅速蔓延,波及到非洲的大部分国家,甚至蔓延至中东、南亚以及亚洲的部分国家,其所到之处都在当地造成了地方性流行。2007年和2013年PPR首次和再次传入我国,至今已在全国多个省份出现,给我国畜牧业带来巨大经济损失。开发和应用高灵敏度、高特异性和高通量的快速检测技术成为防控该病的当务之急。本论文详细介绍了现有小反刍兽疫的检测方法,包括检测方法的建立、灵敏度、特异性、检测目标、优缺点等方面,为我国小反刍兽疫的防控提供了理论依据。本论文旨在针对PPRV的4个谱系的毒株建立RPA快速检测方法,为现场和实验室快速诊断提供技术支持。试验一针对PPRV建立了一种快速实时荧光重组酶聚合酶扩增(recombinase polymerase amplification,RPA)(Real-time RT-RPA)检测技术。该技术需要特有的exo探针和引物,在42°C条件下20 min即可完成扩增,95%概率的最低检出率为0.326TCID50/mL。PPRV的4个谱系毒株均可被检测并且与其他病原体无交叉反应,包括麻疹病毒(MeV)、山羊痘病毒(GTPV)、犬瘟热病毒(CDV)、口蹄疫病毒(FMDV)和山羊支原体。为了验证Real-time RT-RPA方法的检测性能,用其对138份临床样品进行检测,并与Real-time RT-PCR方法检测结果进行对比。结果表明,两种方法具有良好的一致性,Kappa值为0.8134。相对于Real-time RT-PCR方法,Real-time RT-RPA方法的灵敏性为100%,特异性为97.8%。本研究所建立的PPRV Real-time RT-RPA方法,是一种适用于实验室和现场检测的简便、快速并且可靠的方法,特别是在资源有限的环境下。试验二使用重组酶聚合酶扩增技术,结合侧流层析试纸条(lateral flow dipstick,LFD)建立了PPRV RPA-LFD检测方法。通过比对PPRV的4个谱系39个全基因序列,设计了特异性RPA引物和nfo探针,经过反应条件的优化、特异性和灵敏性试验,结果显示,本方法在39°C、20 min内95%概率可检测到的病毒含量低至2.89 TCID50/mL,且与羊其他常见几种病原无交叉反应。利用该方法对138份2014年-2017年国内临床样品进行检测,检测结果为44份阳性样品,94份阴性样品。RPA-LFD检测方法的灵敏性和特异性与PCR方法符合率分别为91.5%和98.9%。本研究所建立的RPA-LFD检测方法,具有快速、读取结果方便、易于操作的优点,为PPR的防控提供技术支持。
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