对于“国家”而言,通过国家科研资助制度干预和支持学术研究对保障国家利益、提高国家实力至关重要。对于“学术”而言,接受国家资助能够促进学术发展,但科学自主性是实现学术进步的主要促进机制。国家科研资助制度正是“国家”通过经费控制等资助管理手段来实现国家目标、“学术”通过科学基金制来保持自主性这两种利益博弈所达成的一种契约机制。国家科研资助制度事关国家利益维护和学术生态改善两个大局。我国国家科研资助制度的研究对我国实现创新型国家和高等教育强国战略具有重要的研究意义。本研究抓住国家科研资助制度是国家和学术互动的制度建构这个本质,以国家和学术关系为研究视角对我国国家科研资助制度展开研究。在对国内外相关研究进行综述的基础上,针对高等教育领域关于学术外部保障制度研究基础薄弱和我国国家科研资助制度研究缺乏的现状,本文对此议题开展了高等教育学与科学社会学、公共政策学的交叉研究,并对我国国家科研资助制度展开学理性和实践调查相结合的研究。除了采用历史研究、比较研究、文献研究法以外,本研究在不同的分析层面采用不同的研究方法层层深入。通过制度分析方法,将制度作为变量来揭示其本质和规律。通过抽样问卷调查和访谈对我国国家科研资助制度运行状况进行实证调查。并采用制度民族志方法深入解读科研资助制度的作用及对高等教育的影响。通过宏观、中观、微观层面的分析研究,找到完善我国科研资助制度的对策。主要的研究内容包含以下五个部分：第一部分是科研资助制度的历史演变。研究发现,从不关切社会的中世纪到“大科学”时代,学术研究的需求不同,所处的社会环境不同,科研资助制度呈现出不同的制度形态。从恩主制到私人科学基金制再到政府科学基金制,其制度形态的转化和变迁体现了学术发展和国家发展的逻辑规律。政府科学基金制是大科学时代协调国家和学术关系的契约机制,调和了国家干预和学术自由的矛盾。第二部分是我国国家科研资助制度的形成与发展。研究发现,改革开放前我国并没有出现私人或者政府科学基金制。1986年国家自然科学基金委的成立,标志着我国开始实施政府科学基金制。目前我国建立了由国家拨款给科学基金会或相应管理部门并委托其践行同行评议来进行资助管理的国家科研资助制度。形成了以国家重大需求为主“大科学”项目和以鼓励自由探索为主的“小科学”项目分离的双层结构(以科技部重大科技计划和国家自然科学基金项目管理为例)。这种制度设计是我国国情的反映,同时也是国家和学术互动的结果。第三部分是我国国家科研资助制度的运行与机制。通过对全国56所研究生院高校教师所处的科研资助制度环境的抽样问卷调查,研究发现学者对我国国家科研资助制度的满意值并没有处于高点。结合官方数据统计和访谈,研究发现科研资助的强度、有效性方面存在不足,项目指南制定和同行评议的公正性和科学性有待提高。其中项目指南拟定过程中容易扩大具有影响力专家的话语权；同行评议结果和研究者的资历、行政任职等赞助性因素之间存在较高的相关性。行政权力的干预问题较为突出。研究认为应该对核心环节——项目指南的流程进行规范,加强关键环节——同行评议的制度构建,建立对行政权力干预的规避机制,逐步改善科研资助制度的运行状况。第四部门是我国国家科研资助制度的地位与影响。在对上海四所研究型大学老师、科研管理者深入访谈和其中两个学术单位实地考察基础上,利用制度民族志的研究方法,研究发现我国国家科研资助制度的地位不断提升,其越来越被看重的现象背后潜藏着学术潜规则的转变。一定程度上学术潜规则从“要么发表要么出局”转变为“要么申请要么出局”,这造成了社会关系的重组,给高等教育带来了潜在的不利影响。研究认为应不断修正科研资助的功能,明晰科研资助的作用,从制度循环的角度提高科研资助效应。第五部分是结论。基于国家科研资助制度是平衡国家和学术关系的契约机制的认识,本研究将国家科研资助制度形象地称之为国家和学术的联姻。研究发现在良好的制度环境下,目前我国国家科研资助制度设计体现了良好的国家和学术关系；在国家和学术的联姻过程中,应该充分体现国家战略规划的优势,保持同行评议制度的主导性地位来维护科学自主性。科研资助机构、高校、学者作为参与主体也应增强责任意识；近几年,国家和学术联姻的国家科研资助制度遭遇—些冲突和挑战,我国已经开始迈入需要关注诚信和产出率的新制度范式阶段。研究认为应该逐步发挥国家适度控制的作用,完善科研诚信机制和产出率保障机制,逐步探索建立科学共同体和政治共同体的边界组织并开展制度建构。