在我国当前的市场大环境之下,我国的中小微企业一直都占有着非常重要的地位,中小微企业也是推动我国市场经济持续蓬勃发展的重要力量。但是在很长一段时间以来,融资困难和融资渠道单一等难题都阻碍了中小企业的持续健康发展。全国中小企业股份转让系统的诞生,为解决中小企业融资难的问题提供了一个全新的途径,新三板市场也成为继主板市场和创业板市场之后的一个非常重要的资本市场补充环节。截止到2018年12月31日为止,10691家中小企业都已经在新三板挂牌。企业选择不同的内源融资、债务融资和股权融资的比例最终会使企业形成截然不同的融资结构,不同的融资结构无疑会使企业的经营风险和财务成本发生变化,这无疑会对企业的经营绩效造成影响。对企业融资结构与企业经营绩效之间相关关系的探究可以帮助企业选择最优融资结构,实现最佳经营绩效。制造业企业占到新三板企业总数的一半,所以对于制造业的研究探索将很有代表性。在当前的新三板制造业企业中,医药制造业企业也具有一些自身独特的特征,并且涉及到医药制造业行业的现有研究也比较少。基于上述原因,所以本文选择医药制造业企业作为研究样本,通过对医药制造业中小企业的研究来探寻新三板中小企业融资结构对企业经营绩效的影响。文章首先对本文研究背景、选题目的和研究意义进行了简要的介绍,接着对具有相关研究主题的国内外文献进行了综述。本文通过理论和实证这两个部分来探究融资结构对企业经营绩效的影响。理论部分首先阐述了有关融资结构和经营绩效的相关理论以及内源融资、债务融资和股权融资分别是如何对企业经营绩效产生影响的。然后,本文简要分析了有关新三板中小企业融资机构和经营绩效的现状。本文以123家新三板医药制造业企业作为研究样本进行实证研究。通过相继进行描述性分析和相关性分析对样本数据有了一个大致的了解。在实证分析中,本文将被解释变量设置为净资产收益率;解释变量设置为内源融资率、债务融资率和股权融资率三个指标;控制变量设置为公司规模、公司成长性、股权集中度和做市商数目四个指标。通过相继对面板数据进行F检验和Hausman检验从而选定了使用固定效应模型对面板数据进行实证分析。接着对三个模型分别进行回归检验分析。实证研究结果表明:（1）内源融资对企业经营绩效有正面影响;（2）债务融资对企业经营绩效有负面影响;（3）股权融资对企业经营绩效有负面影响。最后通过对实证研究结果的分析给出了结论,并且从市场层面和企业层面对新三板医药制造业企业如何更好地发展提出了多项建议。市场层面是建议政府大力支持企业优化融资结构和加强做市商制度的建设,企业层面是建议加强企业内源融资、适度增加负债中非流动负债的比重、对股权结构进行调整和重视企业成长性。