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在政府对企业的研发投入委托代理关系中，由于政府和企业存在着目标利益的差异性、行动和信息上的隐蔽性，致使双方容易发生道德风险问题。为了解决这一问题，在基于委托代理理论框架的基础之上，建立了政府对企业R&D投入的激励模型，并设法求解出了最优激励合同。同时采用我国大中型企业科技投入数据进行了实证研究，表明建立的激励模型和求出的激励合同是合理的。