2006年至2009年田间调查及分子检测表明,我国主要产蔗省份广西、云南、广东、海南、福建、贵州的甘蔗受到甘蔗黄叶病毒(Sugarcan yellow leaf virus,SCYLV)侵染,田间侵染率为1.1％-42.4％,平均20.3％(129/634),采自江西的甘蔗样品中未发现该病毒(0/38).大部分受侵染的甘蔗症状表现为叶片背面主脉黄化.利用RT-PCR-RFLP和核苷酸测序分析了129个受侵染样品中的SCYLV基因型遗传多样性,来自广西、云南、福建、贵州的SCYLV分离物全部为BRA(巴西)基因型(66个样品),剩余的来自广东的63个样品中的SCYLV却包含了BRA、CHN1(中国1号)、CUB(古巴)、PER(秘鲁)和一个新的基因型CHN2(中国2号),其中有43个为BRA 基因型(68.3％),在2个样品中发现同时存在BRA和PER.以1.3kb核苷酸序列(ORF3、4和部分的ORF5)构建的进化树分析也支持CHN2作为一个新基因型.CHN2同另外5个基因型分离物的同源率为91.7％-97.8％,其中同CHN1的最高(97.6％-97.8％).测定了分属于BRA、CUB和PER基因型的7个SCYLV中国分离物的基因组近全长核苷酸序列,它们同已经报道的各自基因型的分离物的核苷酸序列同源性分别为97.2％-97.5％,98.4％-98.9％和98.4％.分析认为,我国蔗区广泛存在独特的高效传毒介体甘蔗绵蚜(Ceratovacunalanigera)是导致SCYLV迅速扩散和变异的重要因素,该病毒可能对我国甘蔗产量和蔗茎含糖量构成重大威胁.