[目的]调查新疆边境地区巴贝斯虫在蜱虫中的感染情况及其分布。[方法]2018-2019年的4月-5月,采用人工布旗法对新疆地区18个县(市)的游离蜱和寄生于家畜体表的蜱虫进行采集并鉴定。对采集的蜱虫提取基因组,利用巴贝斯虫特异引物对提取的基因组进行PCR扩增及测序分析,用MEGA 6.0软件构建分子系统进化树。[结果]共采集蜱虫2279只,经鉴定分析,采集的蜱种包括森林革蜱,胫距革蜱,边缘革蜱,草原革蜱,银盾革蜱,小亚璃眼蜱,亚洲璃眼蜱,麻点璃眼蜱,血红扇头蜱,长角血蜱,刻点血蜱,4属的11个种。扩增得到了包括莫氏巴贝斯(Babesia motasi)、驽巴贝斯虫(Babesia caballi)、粗糙巴贝斯(Babesia crassa)、马巴贝斯虫(Babesia equi)4种已知巴贝斯虫和4株未定种。对其阳性率进行统计结果表明,不同地区的蜱虫阳性率为3.25%～79.17%,平均阳性率为19.85%。[结论]本研究首次利用巢式PCR对我国蜱源巴贝斯虫病的流行状况进行大范围的调查,为制定巴贝斯虫病防控策略提供了可靠的分子流行病学信息。