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蛙蟹总科(Raninoidea)隶属于十足目(Decapoda)、短尾下目(Brachyura),包括46个现存的物种和183个已灭绝的物种。蛙蟹总科与真短尾派的系统发育关系一直存在争议。与单个基因或少数几个基因相比,运用线粒体基因组全长序列研究物种的系统发育,能够提供更多的遗传信息,从而更全面、准确的揭示其进化地位。本研究利用Long-PCR技术和Primer-walking测序方法,获取东方乌氏蟹(Umalia orientalis)和短额琵琶蟹(Lyreidus brevifrons)线粒体基因组全序列,并对其序列结构和特征进行分析。结合现有短尾下目线粒体基因组数据,基于线粒体基因组13个蛋白编码基因的氨基酸和核苷酸序列,分别采用最大似然法(maximum-likelihood,ML)和贝叶斯推论法(bayesian inference,BI),构建短尾下目的系统发生树,探讨蛙蟹总科的进化地位。东方乌氏蟹和短额琵琶蟹基因组全长分别为15,446 bp和16,112 bp,与其他后生动物线粒体基因组一样由13个蛋白编码基因、22个tRNA基因和2个rRNA基因构成。两种蛙蟹线粒体基因排列顺序与绝大多数已知的短尾类线粒体基因组相同,tRNAHis均位于tRNAGlu和tRNAPhe之间。唯一不同的是在短额琵琶蟹nad3 基因和 tRNAGly基因之间有一段长度为641bp的非编码序列,并且其AT含量及二级结构与控制区相似。对13个蛋白编码基因的起始密码和终止密码进行分析,发现除常见的ATN和NTG外,在四个低等蟹中COI基因均利用ACG为起始密码。基于线粒体基因组的系统发育分析则显示：人面蟹位于系统树的基部位置；蛙蟹与真短尾类先具为一支,再与人面蟹聚到一起。结果表明与人面蟹相比,蛙蟹与真短尾类具有较近的亲缘关系,并初步支持了肢孔派的并系发生。