洪水侵蚀是金界壕遗址(黑龙江段)产生水冲沟的主要因素。在雨季短时间强降雨会形成山洪，山洪从山上流下，由于金界壕遗址主墙体在遗址区排水系统中实际上起到一个土石坝性质的挡水墙作用，山洪遇到遗址时会发生两种情况：一是沿着遗址向地势低洼处流走，形成了纵向冲沟，纵向冲沟一般较长，对金界壕的危害要较大；二是在局部低洼处，山洪直接穿透遗址城墙，而形成横向冲沟，横向冲中沟宽度一般较大，对金界壕遗址的危害较纵向冲沟要小。纵向冲沟和横向冲沟往往沿着遗址墙体发育，冲沟垂直下切，并且深度一般较大，容易导致遗址墙基坍塌，墙体失稳，对遗址墙体的整体安全性起着决定性作用。为了金界壕遗址得到有效保护，以龙江县段两处水)中沟造成的典型病害为例，通过对当地区域地形地貌、区域地质构造及地层情况、区域水文、抗震设计参数、标准冻深、遗址区文物遗存现状、遗址建造工艺、建造材料等方面进行深入研究和分析，制定遗址纵向冲沟夯土回填、横穿主墙体冲沟防冲刷挡墙防护、横穿主墙体冲沟底部防冲刷治理、主墙体上游侧面设置截水沟等治理措施，以提高遗址的抗洪涝灾害能力，减缓遗址的破坏速度，从而解决遗址本体现存的安全问题，使自然因素对金界壕遗址的破坏最小化。