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分子遗传标记是利用分子生物学的方法来区分不同的个体或群体中能够稳定遗传的物质或性状，是生物个体或群体间遗传差异的客观表征，是DNA水平上遗传变异的直接反应，与基因是否表达无关，其多态性丰富，遗传性稳定。目前分子遗传标记技术已有数十种，新的分子遗传标记技术仍在不断涌现。其大致可分为3类:第一类是以分子杂交为基础的分子标记，如RFLP和DNA指纹等;第二类是以PCR为基础的分子标记，如微卫星标记,PCR-SSCP,PCR-RFLP等;第三类是以DNA测序为核心的分子标记，如SNP和EST等。此外，还有以构象为基础的分子标记如SSCP.DG(GE和转座子标签和基因芯片等。目前，分子遗传标记技术已被广泛应用于动物的生产实践中，本文主要介绍了羊的分子遗传标记的研究进展。