【摘 要】
：
Not only the static structure but(slow)dynamics of biological macromolecules are more and more focused on in recent experiments and simulations to understand their functions.As an important tool,curre
【机 构】
：
中国科学院大学物理科学学院,北京 100049
论文部分内容阅读
Not only the static structure but(slow)dynamics of biological macromolecules are more and more focused on in recent experiments and simulations to understand their functions.As an important tool,current all-atomic molecular dynamics(MD)simulations start to approach to experimental timescales in small proteins,we may further improve the accessed spatial-temporal scales of MD and analyze the generate big data to understand the properties,behavior and functions of proteins with atomic details.In the talk,we present a scheme to extend MD simulation timescale,and to analyze slow dynamics from simulation data.
其他文献
种群的扩张行为描述了生物种群通过迁移到新的栖息地以完成空间分布上的扩张，在自然界中十分常见。扩张的结果决定着种群的命运，而对种群扩张动力学的研究在生物种群的控制包括抵御有害物种入侵和保护濒危物种上有着重要的应用价值。本工作中我们研究了受Allee效应影响的协作增长的种群在网络这一实际生态系统空间结构的抽象上的扩张行为，这一扩张行为可以用一个广义的反应扩散过程来描述。
In this paper,by using the Hindmarsh–Rose(HR)model,we have studied the effect of time delay on the dynamic behaviors in coupled neural network.It is found that,the neural network may display a rather
Clique是网络中的完全链接子图结构,clique的存在对于划分网络中相互交叠的社团结构与分析系统动力学稳定性都有非常重要的意义,因此网络上的clique渗流相变作为刻画网络结构与动力学特性的方法受到人们的关注。在对随机图上clique渗流转变的研究中人们发现[1-3]：clique渗流相变的临界指数依赖人们对序参量的选取；而进一步的研究则指出临界指数同时也依赖clique间相互链接方式的定义。
本文以一维动量守恒的非对称简谐相互势晶格系统为起点，系统地研究了该模型的声子谱性质，研究结果显示该模型中的低频声子谱峰的中心位置可以很好地用ωc=[2(KL+KR]1/2|sin(aq/2)|来描述，其中KL和KR分别为两段线性力的力常数。特别地，我们进一步将这个方法推广到更具有一般性的Fermi-Pasta-Ulam-α-β晶格模型和Lennard-Jones晶格模型，成功地预测了系统的声速及声
晶界的存在决定了多晶材料的延展性，输运性质，凝固和再结晶动力学等多种特性。研究晶界的形成和演化机制，对于精确操控晶体的生长和设计晶界结构，发展晶界工程学，推动材料科学的发展具有重要的意义。阐明晶界的微观结构是研究晶界形成和演化的基础，而在胶体晶体系统中可以实现对晶界单粒子尺度，微观可视化的研究。
纳米材料在生物成像、载药等生物医学研究中有着良好的应用前景，这使得纳米生物效应，尤其是纳米材料如何与蛋白质等生物分子相互作用等问题引起了广泛的兴趣。此外，实验发现纳米材料可以自发形成各向异性的有序结构，纳米材料自组装行为的作用规律及其影响因素仍有待研究。由于纳米颗粒尺寸很小，纳米颗粒与溶剂的相互作用、颗粒表面修饰基团分布具有很强的波动性，且易于受外界环境影响，这使得有些问题无法用平均场理论进行准确
Phase transformation in antibody solutions is of growing interest in both academia and the pharmaceutical industry.Recent experimental studies have shown that,as in near-spherical proteins,antibodies
电场驱动下的二维胶体体系，随粒子数密度和驱动电场强度的变化，展现出多种运动模式。[1]利用高速成像和粒子追踪，我们对自驱动体系的单粒子动力学行为和集体自组织行为进行了研究。实验发现，单粒子的平均运动速度和电场驱动力存在正比例关系；粒子间耦合作用对粒子的运动也有着增强作用。
颗粒体系是研究玻璃化转变问题的一个重要的模型体系，在玻璃研究尤其是金属玻璃体系中有很重要的影响.事实上，早在上世纪六十年代，著名的英国科学家J.D.Bernal就率先利用球形颗粒堆积来模拟液体和玻璃结构，并且深刻地洞见了其中的联系.不同于基于分子原子玻璃体系的实验研究，宏观模型体系具有非常类似的物理过程，但是由于其单元具有宏观大小，可以允许对体系进行微观结构、动力学和热力学的研究.
Optical microscopy and multi-particle tracking are used to investigate the cross-correlated diffusion of quasi two dimensional colloidal particles near an air or oil-water interface.The behaviors of t