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宿主与肠道微生物区系长期共同进化的结果是宿主与细菌间的互利共生。在我们的消化系统中拥有成千上万的共生细菌，这些共生细菌对宿主肠道的营养加工、粘膜免疫耐受和一些其它功能具有重要的作用。现行的分子生物学技术和无菌动物模型为研究宿主与共生细菌之间的分子机制提供一个前所未有的机遇，以至于帮助我们更深入地理解肠道的共生细菌对我们正常生理功能的作用，从而发展新的治疗策略。