线粒体上COI(细胞色素C氧化酶亚单位I)基因5’端的648 bp片段是动物条形码的标准标记。然而,在两栖动物中COI基因却有较高的变异性,其测序常遇到一些挑战。与之相对应,在两栖类条形码中,另外一个线粒体基因——16S核糖体基因被推荐应用。因此,在本研究中我们对114个小鲵科物种个体的COI和16S基因进行测定以检验这两种标记鉴别该类群物种的能力。该类群物种为亚洲特有种,其物种识别和分类传统上只依赖于形态学特征。结果显示:(1)K2P遗传距离运算显示COI和16S基因在物种内的变异度分别为1.4%和0.5%;(2)基于系统树的物种鉴定COI总是可以区分物种,但16S在部分物种不能区分;(3)这两个标记都呈现出物种内和物种间遗传差异的重叠,从而降低了条形码用于属间鉴别应用。总之,COI基因在小鲵类条形码鉴定中有更优的效果。另外,通过对比这两个潜在的标记,高的物种内差异(COI,>5%)暗示了爪鲵Onychodactylusfischeri和极北鲵Salamandrella keyserlingii可能暗含隐存种。