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预算绩效拨款被看作是引导高校转变发展模式的重要制度设计。从解读预算绩效拨款与高校发展变革的现实关系出发,结合试点省份实践,本文指出系统理论支持不够、核心要素体系设计不完善、利益主体参与不足、项目统筹运作不力、信息平台建设滞后、法规政策不健全是当前影响拨款模式有效改革的几大现实问题。为强化模式改革实效性,应加强预算绩效理论研究与核心要素体系设计,变革现有的预算拨款运作机制与运作模式,并营造有利于模式高效运营的法规环境。