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代谢组学研究的核心思想在于运用现代分析技术定量分析生物体不同状态下功能蛋白如何产生能量和机体内物质，评价生物体液中的内源性和外源性代谢物浓度与功能的关系，通过代谢物图的整体分析直接认识生理病理及生化状态，结合化学信息学分析方法获得相应的生物标记物群，表征或揭示生物体在特定时间、环境下整体的功能状态。