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在对蛋白质预测结构进行聚类的过程中，常用的均方根偏差、TM—score、GDT-TS等相似性度量方法仅反映了结构之间的距离关系而未考虑结构之间的能量关系。针对上述问题，对候选结构进行距离度量，计算两两之间的能量差异，并以此设置权重，对相似性矩阵进行修改。通过在13个数据集上的实验表明，采用能量差异对相似性矩阵进行加权后的聚类结果优于加权之前。