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化学家追踪可可的化学遗迹，大大推进了现代人对可可历史的认知。
当西班牙殖民者于1519年首次抵达阿兹特克首都特诺奇迪兰时，他们看到了种种奢华场面，其中就有人们向蒙堤苏玛国王敬献50罐起着泡沫的“巧克拉托”。这是一种用可可树的种子制作的饮料，也是今天我们所知的巧克力的前身。据西班牙史学家记载，阿兹特克人说可可饮料专门用来催情，这暗示巧克力与浪漫之间的关联自古以来就存在。事实上，现代科研发现巧克力中含有的化合物之一是苯乙胺，而人在经历性冲动时大脑也会释放苯乙胺。
然而，对阿兹特克人来说，可可绝不只是一种催情的物质，可可在欧洲人殖民中美洲之前的中美洲历史上有着重要的经济和文化意义。据1545年的一份纳瓦特尔语(阿兹特克人及其他中美洲人群的语言)文献记载，可可豆甚至被当作货币使用——一只火鸡值200颗可可豆，一只玉米肉粽值1颗可可豆，当时一个挑夫一天的工资是100颗可可豆。
长期以来，考古学家对可可历史的认识十分模糊。直到近十几年中，化学家对可可的化学遗迹进行追踪，从而大大推进了现代人对可可历史的认知。
追寻可可的化学遗迹
对可可的化学遗迹追踪始于1984年的危地马拉东北角，当时美国哈佛大学的研究生格兰特·霍尔进入里约阿祖遗址的19号墓。里约阿祖是一座玛雅城市，其巅峰时期有40万人口。19号墓是一座王室墓，其年代是公元5世纪。墓中有红艳的壁画，男墓主的骨架躺在一张织物垫子上，14只装着食物饮料(供死者在阴间享用)的容器环绕着他。其中一只壶罐引起了霍尔的特别兴趣。这只壶罐有一个密封盖，粗粗的壶柄用类似美洲狮毛皮的图案装饰，壶盖和壶身上都有蓝绿色图案，图案上有玛雅象形文字。霍尔注意到这只壶罐的内壁上有一条灌注线，他从它上面刮下一些浮渣以备检测。几乎与此同时，碑铭学家也对这只壶罐上的15个象形文字图案进行了研究，发现其中两个包含“可可”字样。
霍尔猜测自己采集的浮渣中含有可可，他把样本交给了美国分析化学家杰弗里·赫斯特。赫斯特对可可中含有的数百种化合物进行研究，目的是找到最能代表史前可可豆的一种指示性化合物。他认为这种化合物必须足够稳定，哪怕经过好几个世纪的埋葬之后也不变质，而且数量充足，哪怕在微量样本中也能被检测到。最终，他选定可可碱作为可可的指示性化合物。
可可碱和咖啡因等同属一类生物碱。可可也含有咖啡因，但可可中的可可碱含量是咖啡因的10倍。至少还有18种植物(包括咖啡、茶叶和可乐果等)也含有可可碱，但中美洲的栽培植物中仅可可含可可碱。所以，能否在古代容器内的浮渣中检测到可可碱，可以证明该容器是否装过可可。
赫斯特使用最基本的分析化学工具来辨识可可碱：高性能的液体层析仪可以依据化合物的化学差异，把样本中的化合物分开；质谱仪可以辨识特异化合物(就像心电图仪记录心跳一样，质谱仪记录一个未知样本的化学组成，然后与已知化合物的标准组成进行对比)。运用这些方法，赫斯特证实了里约阿祖壶罐中存在可可碱，从而把使用可可的最早时间提前到了公元460～480年。
20世纪90年代中期，考古学家在伯利兹(一个中美洲国家)发掘一个洞穴时，发现了一名成年男性的遗骸。他躺在一堵石灰石块堆积的墓墙后面，此墓的年代在公元4～5世纪之间。死者的头颅被取下，放在盆骨旁边，盆骨上倒扣着一只粗糙的陶碗，碗底放着5颗种子；头颅原先所在位置上则放着一个陶瓷容器，里面装着一颗玉珠。
赫斯特在其中两颗种子上检测到了可可碱。这也是极为罕见的完整的古代可可豆样本。考古学家推测，这名男墓主是一个巫师或具有类似社会地位的人，可可豆不仅代表着他的身份地位，而且确保他成功前往“阴间”。
2001年，美国得克萨斯大学研究生特瑞·鲍维斯在伯利兹的玛雅遗址科哈开展发掘工作时，从14件喷嘴陶罐(也被称为“巧克力罐”)的内表面刮下一些粉末交给赫斯特检测。2002年，赫斯特宣布，在其中3只陶罐中检测到可可碱。这一结果把有关可可的最早的化学证据又提前了差不多1000年，即公元前600年～公元前400年。值得关注的是，检出可可碱的3只陶罐在考古学家发掘出它们后都没有清洗过。
自那以后，考古学家开始重视那些未经清洗的出土陶器。洪都拉斯西部的里约乌拉山谷从16世纪起就以出产高质量可可而出名，考古学家对山谷中的波多伊斯康迪多村(从公元前1800年～公元前1000年开始有人定居)遗址进行发掘，结果从一些陶器碎片中检测到了可可碱，由此证明在玛雅人之前很久，最早可能在公元前1700年左右，当地人已经开始享用可可饮料。
考古学家还发现，在波多伊斯康迪多村，家家户户都有那种检出有可可碱的陶器，这显示当时有足够的可可供人们分享。进一步的分析认为，可可聚会可能是当时当地的一种象征性活动，最终演变为权力的根基。后来的阿兹特克及玛雅君主运用权力控制巧克力消费，由此巩固自己身为权力精英、与众神“有联系”的地位。
2007年晚些时候，鲍维斯和同事宣布发现了更古老的可可。他们在来自于墨西哥境内的奥尔梅克村庄遗址的一块喷嘴罐残片上发现了可可碱，这个罐子制造于公元前1900年～公元前1500年。
史前酿造过程的副产品
化学家的化学侦测工作不仅加深了人们对中美洲可可历史的认知，还极大地改变了人们对中美洲巧克力饮料的根源的认识。
在波多伊斯康迪多村的发现让考古学家相信，中美洲人最初可能通过发酵可可豆荚制作了类似于奇查酒的含酒精饮料(一些南美洲人至今仍使用玉米制作酒精含量为5％的奇查酒)。而到晚些时期，中美洲人开始意识到：把可可豆和可可豆荚一起发酵，能制作出更美味的饮料——巧克力饮料。在发酵之前，可可豆的味道就像苹果核那样难吃，而发酵赋予了可可豆以巧克力风味。从这个意义上说，巧克力的发现是一个让人愉悦的意外，是一种史前酿造过程的副产品。
玛雅圣典中说，众神用包括可可在内的一些基本食物创造了人，人则学会用可可树的果实制作美味来供奉像神一样的国王们。不过，今天的甜巧克力点心与古代中美洲人调制的巧克力之间没有什么相似之处。 玛雅人制作巧克力的方法分多个步骤：把从森林或花园里采摘来的成熟可可豆荚切开，取出被称为“可可豆”的种子及包裹种子的浆液(一粒可可豆荚所包含的可可豆足以制作7杯现代巧克力)，并让可可豆发芽、发酵多日；在太阳下晾晒经发酵后的可可豆一至两周，使之干燥；在火上烧烤可可豆，以给予它更多的芬芳；去除豆皮，把余下的豆肉磨碎成膏，这种膏泥的味道就像是没有加糖的黑巧克力；添加玉米、辣椒、花朵、香草等成分，目的是加强风味或治疗效用；最后，掺水制作成巧克力饮料。
像今天的卡布奇诺咖啡一样，玛雅和阿兹特克贵族都喜欢巧克力表面的泡沫。泡沫除了能加强巧克力的芳香和口感外，或许还象征着饮用者的身份地位。
从贵族食品到大众美味
巧克力是当今世界最流行的大众化食品之一，但它发展到今天经过了一个漫长过程。至少在3000年前，人们就开始在墨西哥、中美洲和南美洲种植可可树，绝大多数中美洲人都用可可豆制作巧克力饮料。
纯巧克力的原始形式是由可可豆磨成的可可膏。可可膏常被液化，再添加或不添加其他成分而定型，所以也被称为巧克力浆或可可浆。可可浆可被加工成可可粉和可可脂。黑巧克力，即无糖烘焙的巧克力，它的成分主要是可可粉和可可脂。今天人们消费的大部分巧克力都是甜巧克力，它包含可可粉、可可脂或代可可脂以及糖。牛奶巧克力是添加了奶粉或炼乳的甜巧克力。白巧克力含有可可脂、糖和奶，但不含可可粉。
巧克力在玛雅和阿兹特克王室及宗教事件中起着特殊作用。在神圣仪式上，祭司把巧克力奉献给神灵，并请来宾喝巧克力饮料。所有被阿兹特克人征服的地区，都必须生产可可豆交纳“贡税”。
到公元15世纪，阿兹特克人控制了中美洲大部分地区，并把可可引入了他们的文化，尤其是把巧克力与生育神联系起来。由于可可树无法生长在干燥的墨西哥中部高地，必须进口，所以巧克力在整个阿兹特克帝国都是一种重要的奢侈品。
16世纪，欧洲人首次接触到巧克力，当时阿兹特克国王蒙堤苏玛向西班牙征服者赫兰·科特斯介绍了“乔克拉托”(阿兹特克人称巧克力饮料为“巧克拉托”，意为“苦水”)。据西班牙历史学家记载，蒙堤苏玛惯于在每餐后喝巧克力饮料，这是其每天的奢华仪式的一部分。据说他的朝廷每天要喝2000杯“巧克拉托”，其中50杯由蒙堤苏玛本人饮用。16世纪晚期住在秘鲁和墨西哥的一名西班牙传教士有如下记载：“不习惯它(巧克力饮料)的人认为它的泡沫很难闻，因而很厌恶它。然而，印第安人很喜欢这种饮料。西班牙人，不管是男人还是女人，一旦他们习惯了这个国家(墨西哥)，他们就会对巧克力贪得无厌。他们制作各种各样的巧克力：热的、冷的、温的、加辣椒的，等等。他们还制作巧克力膏，说它对胃好，能抗黏膜炎。”
在西班牙人征服阿兹特克之后，巧克力被进口到欧洲。当时巧克力只是作为一种饮料，但欧洲人给它加糖以抵消苦味，去掉辣椒，但保留了香草、肉桂及其他香料。在西班牙，巧克力很快成为宫廷最爱之一，当时只有王室及与其紧密相关者才喝得起这种昂贵的进口饮料。为了满足对巧克力饮料的高需求，西班牙军队开始奴役中美洲人生产可可。后来西班牙人开始种植可可树，并且利用非洲劳工帮助种植。而在英格兰，只要有钱，任何人都可以买到巧克力饮料。一个世纪之内，巧克力传遍欧洲大陆并广受欢迎。1657年，伦敦开设了第一家巧克力屋。1689年，著名医生兼收藏家汉斯·斯诺恩在牙买加研制出一种牛奶巧克力饮料。
数百年来，巧克力制作过程一直没变。西方工业革命开始后，今天所见的各种食品形式逐渐出现。到18世纪末，第一种固体巧克力在意大利都灵市出现。1828年，荷兰人范霍顿发明了从可可豆榨取可可脂的方法，可可粉和可可脂由此问世。范霍顿还用生物碱处理巧克力以去除苦味，这使得现代巧克力棒生产成为可能。随着新型机械的发明，全球的人们都开始享用巧克力
1839年，德国一家公司出售了用可可、糖和羊奶制作的已知全球首批巧克力棒。1865年，有人发现了从可可固形物中分离出可可脂的方法，即把巧克力悬挂于一间温室中的口袋里，让可可脂随着时间自然滴落。
1867年，瑞士蜡烛制作人丹尼尔·彼得开始尝试把牛奶加入巧克力中。1875年，牛奶巧克力首次上市。在他人的帮助下，彼得从牛奶中去掉水分以阻止巧克力发霉。瑞士人鲁道夫·林德特发明了混合搅拌过程，即加热巧克力固形物并磨碎到非常细的程度，以确保液体均衡混合。这最终促成了廉价巧克力的出现。
需要指出的是，虽然可可豆来自于美洲，但今天的西部非洲生产了全球可可豆的2／3，其中科特迪瓦的产量就占了近一半。
从美味到健康食品
巧克力对健康有许多影响，其中既有正面的也有负面的。几百年来，南美洲人和欧洲人一直在用可可粉治疗腹泻。可可粉或黑巧克力可能对循环系统有好处，正在研究中的巧克力益处包括抗癌、刺激大脑、镇咳及抗腹泻等。
科学家已经发现，适量的黑巧克力有助于预防心脏病。诱发冠心病的主要因素被认为是低密度脂蛋白胆固醇——当这种蜡状物质氧化时，它会黏附在动脉壁上，增加中风的风险。科学研究表明，巧克力含有的多元酚能抑制低密度脂蛋白胆固醇的氧化。
另一方面，无节制食用包括巧克力在内的任何高能量食品，同时又缺乏相应的体育锻炼，可能诱发肥胖。纯巧克力的可可脂含量很高，而在精制巧克力的过程中可可脂被除去，接着在生产各种巧克力的过程中又加人不同数量的可可脂，还可能添加其他脂肪、糖和奶，而这些东西都会增加巧克力的热量。
在生产过程中，巧克力会从环境中吸收铅，因此有人担心某些类型的巧克力可能引起铅中毒。可可豆的铅含量在天然食物中是最低的之一，不超过0.5纳克／克，但巧克力产品的铅含量可高达70纳克／克，而加工过的可可粉的铅含量更是高达230纳克／克。不过，世界卫生组织设定的每日铅摄入量最高值是200000纳克。另外，由于许多动物对可可碱的代谢能力差，所以巧克力对它们来说是有毒的。
一项研究发现，在一个人的口中溶化巧克力，可致大脑活动增加，心跳加快，其效果比接吻还明显，而且效果持续时间比接吻长3倍。也有研究发现，老年人吃巧克力可能会导致骨质疏松。然而，更多的研究发现巧克力能提高认知能力。现在，科学家发现黑巧克力和可可脂有多重健康好处，例如黑巧克力不仅能降低心血管病风险，而且能降低肥胖者及正常人的血压，甚至能明显降低肝硬化患者的门静脉高压，从而防止他们的消化道出血，因而对肝病有一定的治疗作用。但千万要注意，只有纯度高(指可可含量及可可脂含量都高)的黑巧克力才具有明显的健康益处，而添加大量糖、奶、代可可脂及其他成分的巧克力不仅没有健康益处，反而可能对健康有害。
当西班牙殖民者于1519年首次抵达阿兹特克首都特诺奇迪兰时，他们看到了种种奢华场面，其中就有人们向蒙堤苏玛国王敬献50罐起着泡沫的“巧克拉托”。这是一种用可可树的种子制作的饮料，也是今天我们所知的巧克力的前身。据西班牙史学家记载，阿兹特克人说可可饮料专门用来催情，这暗示巧克力与浪漫之间的关联自古以来就存在。事实上，现代科研发现巧克力中含有的化合物之一是苯乙胺，而人在经历性冲动时大脑也会释放苯乙胺。
然而，对阿兹特克人来说，可可绝不只是一种催情的物质，可可在欧洲人殖民中美洲之前的中美洲历史上有着重要的经济和文化意义。据1545年的一份纳瓦特尔语(阿兹特克人及其他中美洲人群的语言)文献记载，可可豆甚至被当作货币使用——一只火鸡值200颗可可豆，一只玉米肉粽值1颗可可豆，当时一个挑夫一天的工资是100颗可可豆。
长期以来，考古学家对可可历史的认识十分模糊。直到近十几年中，化学家对可可的化学遗迹进行追踪，从而大大推进了现代人对可可历史的认知。
追寻可可的化学遗迹
对可可的化学遗迹追踪始于1984年的危地马拉东北角，当时美国哈佛大学的研究生格兰特·霍尔进入里约阿祖遗址的19号墓。里约阿祖是一座玛雅城市，其巅峰时期有40万人口。19号墓是一座王室墓，其年代是公元5世纪。墓中有红艳的壁画，男墓主的骨架躺在一张织物垫子上，14只装着食物饮料(供死者在阴间享用)的容器环绕着他。其中一只壶罐引起了霍尔的特别兴趣。这只壶罐有一个密封盖，粗粗的壶柄用类似美洲狮毛皮的图案装饰，壶盖和壶身上都有蓝绿色图案，图案上有玛雅象形文字。霍尔注意到这只壶罐的内壁上有一条灌注线，他从它上面刮下一些浮渣以备检测。几乎与此同时，碑铭学家也对这只壶罐上的15个象形文字图案进行了研究，发现其中两个包含“可可”字样。
霍尔猜测自己采集的浮渣中含有可可，他把样本交给了美国分析化学家杰弗里·赫斯特。赫斯特对可可中含有的数百种化合物进行研究，目的是找到最能代表史前可可豆的一种指示性化合物。他认为这种化合物必须足够稳定，哪怕经过好几个世纪的埋葬之后也不变质，而且数量充足，哪怕在微量样本中也能被检测到。最终，他选定可可碱作为可可的指示性化合物。
可可碱和咖啡因等同属一类生物碱。可可也含有咖啡因，但可可中的可可碱含量是咖啡因的10倍。至少还有18种植物(包括咖啡、茶叶和可乐果等)也含有可可碱，但中美洲的栽培植物中仅可可含可可碱。所以，能否在古代容器内的浮渣中检测到可可碱，可以证明该容器是否装过可可。
赫斯特使用最基本的分析化学工具来辨识可可碱：高性能的液体层析仪可以依据化合物的化学差异，把样本中的化合物分开；质谱仪可以辨识特异化合物(就像心电图仪记录心跳一样，质谱仪记录一个未知样本的化学组成，然后与已知化合物的标准组成进行对比)。运用这些方法，赫斯特证实了里约阿祖壶罐中存在可可碱，从而把使用可可的最早时间提前到了公元460～480年。
20世纪90年代中期，考古学家在伯利兹(一个中美洲国家)发掘一个洞穴时，发现了一名成年男性的遗骸。他躺在一堵石灰石块堆积的墓墙后面，此墓的年代在公元4～5世纪之间。死者的头颅被取下，放在盆骨旁边，盆骨上倒扣着一只粗糙的陶碗，碗底放着5颗种子；头颅原先所在位置上则放着一个陶瓷容器，里面装着一颗玉珠。
赫斯特在其中两颗种子上检测到了可可碱。这也是极为罕见的完整的古代可可豆样本。考古学家推测，这名男墓主是一个巫师或具有类似社会地位的人，可可豆不仅代表着他的身份地位，而且确保他成功前往“阴间”。
2001年，美国得克萨斯大学研究生特瑞·鲍维斯在伯利兹的玛雅遗址科哈开展发掘工作时，从14件喷嘴陶罐(也被称为“巧克力罐”)的内表面刮下一些粉末交给赫斯特检测。2002年，赫斯特宣布，在其中3只陶罐中检测到可可碱。这一结果把有关可可的最早的化学证据又提前了差不多1000年，即公元前600年～公元前400年。值得关注的是，检出可可碱的3只陶罐在考古学家发掘出它们后都没有清洗过。
自那以后，考古学家开始重视那些未经清洗的出土陶器。洪都拉斯西部的里约乌拉山谷从16世纪起就以出产高质量可可而出名，考古学家对山谷中的波多伊斯康迪多村(从公元前1800年～公元前1000年开始有人定居)遗址进行发掘，结果从一些陶器碎片中检测到了可可碱，由此证明在玛雅人之前很久，最早可能在公元前1700年左右，当地人已经开始享用可可饮料。
考古学家还发现，在波多伊斯康迪多村，家家户户都有那种检出有可可碱的陶器，这显示当时有足够的可可供人们分享。进一步的分析认为，可可聚会可能是当时当地的一种象征性活动，最终演变为权力的根基。后来的阿兹特克及玛雅君主运用权力控制巧克力消费，由此巩固自己身为权力精英、与众神“有联系”的地位。
2007年晚些时候，鲍维斯和同事宣布发现了更古老的可可。他们在来自于墨西哥境内的奥尔梅克村庄遗址的一块喷嘴罐残片上发现了可可碱，这个罐子制造于公元前1900年～公元前1500年。
史前酿造过程的副产品
化学家的化学侦测工作不仅加深了人们对中美洲可可历史的认知，还极大地改变了人们对中美洲巧克力饮料的根源的认识。
在波多伊斯康迪多村的发现让考古学家相信，中美洲人最初可能通过发酵可可豆荚制作了类似于奇查酒的含酒精饮料(一些南美洲人至今仍使用玉米制作酒精含量为5％的奇查酒)。而到晚些时期，中美洲人开始意识到：把可可豆和可可豆荚一起发酵，能制作出更美味的饮料——巧克力饮料。在发酵之前，可可豆的味道就像苹果核那样难吃，而发酵赋予了可可豆以巧克力风味。从这个意义上说，巧克力的发现是一个让人愉悦的意外，是一种史前酿造过程的副产品。
玛雅圣典中说，众神用包括可可在内的一些基本食物创造了人，人则学会用可可树的果实制作美味来供奉像神一样的国王们。不过，今天的甜巧克力点心与古代中美洲人调制的巧克力之间没有什么相似之处。 玛雅人制作巧克力的方法分多个步骤：把从森林或花园里采摘来的成熟可可豆荚切开，取出被称为“可可豆”的种子及包裹种子的浆液(一粒可可豆荚所包含的可可豆足以制作7杯现代巧克力)，并让可可豆发芽、发酵多日；在太阳下晾晒经发酵后的可可豆一至两周，使之干燥；在火上烧烤可可豆，以给予它更多的芬芳；去除豆皮，把余下的豆肉磨碎成膏，这种膏泥的味道就像是没有加糖的黑巧克力；添加玉米、辣椒、花朵、香草等成分，目的是加强风味或治疗效用；最后，掺水制作成巧克力饮料。
像今天的卡布奇诺咖啡一样，玛雅和阿兹特克贵族都喜欢巧克力表面的泡沫。泡沫除了能加强巧克力的芳香和口感外，或许还象征着饮用者的身份地位。
从贵族食品到大众美味
巧克力是当今世界最流行的大众化食品之一，但它发展到今天经过了一个漫长过程。至少在3000年前，人们就开始在墨西哥、中美洲和南美洲种植可可树，绝大多数中美洲人都用可可豆制作巧克力饮料。
纯巧克力的原始形式是由可可豆磨成的可可膏。可可膏常被液化，再添加或不添加其他成分而定型，所以也被称为巧克力浆或可可浆。可可浆可被加工成可可粉和可可脂。黑巧克力，即无糖烘焙的巧克力，它的成分主要是可可粉和可可脂。今天人们消费的大部分巧克力都是甜巧克力，它包含可可粉、可可脂或代可可脂以及糖。牛奶巧克力是添加了奶粉或炼乳的甜巧克力。白巧克力含有可可脂、糖和奶，但不含可可粉。
巧克力在玛雅和阿兹特克王室及宗教事件中起着特殊作用。在神圣仪式上，祭司把巧克力奉献给神灵，并请来宾喝巧克力饮料。所有被阿兹特克人征服的地区，都必须生产可可豆交纳“贡税”。
到公元15世纪，阿兹特克人控制了中美洲大部分地区，并把可可引入了他们的文化，尤其是把巧克力与生育神联系起来。由于可可树无法生长在干燥的墨西哥中部高地，必须进口，所以巧克力在整个阿兹特克帝国都是一种重要的奢侈品。
16世纪，欧洲人首次接触到巧克力，当时阿兹特克国王蒙堤苏玛向西班牙征服者赫兰·科特斯介绍了“乔克拉托”(阿兹特克人称巧克力饮料为“巧克拉托”，意为“苦水”)。据西班牙历史学家记载，蒙堤苏玛惯于在每餐后喝巧克力饮料，这是其每天的奢华仪式的一部分。据说他的朝廷每天要喝2000杯“巧克拉托”，其中50杯由蒙堤苏玛本人饮用。16世纪晚期住在秘鲁和墨西哥的一名西班牙传教士有如下记载：“不习惯它(巧克力饮料)的人认为它的泡沫很难闻，因而很厌恶它。然而，印第安人很喜欢这种饮料。西班牙人，不管是男人还是女人，一旦他们习惯了这个国家(墨西哥)，他们就会对巧克力贪得无厌。他们制作各种各样的巧克力：热的、冷的、温的、加辣椒的，等等。他们还制作巧克力膏，说它对胃好，能抗黏膜炎。”
在西班牙人征服阿兹特克之后，巧克力被进口到欧洲。当时巧克力只是作为一种饮料，但欧洲人给它加糖以抵消苦味，去掉辣椒，但保留了香草、肉桂及其他香料。在西班牙，巧克力很快成为宫廷最爱之一，当时只有王室及与其紧密相关者才喝得起这种昂贵的进口饮料。为了满足对巧克力饮料的高需求，西班牙军队开始奴役中美洲人生产可可。后来西班牙人开始种植可可树，并且利用非洲劳工帮助种植。而在英格兰，只要有钱，任何人都可以买到巧克力饮料。一个世纪之内，巧克力传遍欧洲大陆并广受欢迎。1657年，伦敦开设了第一家巧克力屋。1689年，著名医生兼收藏家汉斯·斯诺恩在牙买加研制出一种牛奶巧克力饮料。
数百年来，巧克力制作过程一直没变。西方工业革命开始后，今天所见的各种食品形式逐渐出现。到18世纪末，第一种固体巧克力在意大利都灵市出现。1828年，荷兰人范霍顿发明了从可可豆榨取可可脂的方法，可可粉和可可脂由此问世。范霍顿还用生物碱处理巧克力以去除苦味，这使得现代巧克力棒生产成为可能。随着新型机械的发明，全球的人们都开始享用巧克力
1839年，德国一家公司出售了用可可、糖和羊奶制作的已知全球首批巧克力棒。1865年，有人发现了从可可固形物中分离出可可脂的方法，即把巧克力悬挂于一间温室中的口袋里，让可可脂随着时间自然滴落。
1867年，瑞士蜡烛制作人丹尼尔·彼得开始尝试把牛奶加入巧克力中。1875年，牛奶巧克力首次上市。在他人的帮助下，彼得从牛奶中去掉水分以阻止巧克力发霉。瑞士人鲁道夫·林德特发明了混合搅拌过程，即加热巧克力固形物并磨碎到非常细的程度，以确保液体均衡混合。这最终促成了廉价巧克力的出现。
需要指出的是，虽然可可豆来自于美洲，但今天的西部非洲生产了全球可可豆的2／3，其中科特迪瓦的产量就占了近一半。
从美味到健康食品
巧克力对健康有许多影响，其中既有正面的也有负面的。几百年来，南美洲人和欧洲人一直在用可可粉治疗腹泻。可可粉或黑巧克力可能对循环系统有好处，正在研究中的巧克力益处包括抗癌、刺激大脑、镇咳及抗腹泻等。
科学家已经发现，适量的黑巧克力有助于预防心脏病。诱发冠心病的主要因素被认为是低密度脂蛋白胆固醇——当这种蜡状物质氧化时，它会黏附在动脉壁上，增加中风的风险。科学研究表明，巧克力含有的多元酚能抑制低密度脂蛋白胆固醇的氧化。
另一方面，无节制食用包括巧克力在内的任何高能量食品，同时又缺乏相应的体育锻炼，可能诱发肥胖。纯巧克力的可可脂含量很高，而在精制巧克力的过程中可可脂被除去，接着在生产各种巧克力的过程中又加人不同数量的可可脂，还可能添加其他脂肪、糖和奶，而这些东西都会增加巧克力的热量。
在生产过程中，巧克力会从环境中吸收铅，因此有人担心某些类型的巧克力可能引起铅中毒。可可豆的铅含量在天然食物中是最低的之一，不超过0.5纳克／克，但巧克力产品的铅含量可高达70纳克／克，而加工过的可可粉的铅含量更是高达230纳克／克。不过，世界卫生组织设定的每日铅摄入量最高值是200000纳克。另外，由于许多动物对可可碱的代谢能力差，所以巧克力对它们来说是有毒的。
一项研究发现，在一个人的口中溶化巧克力，可致大脑活动增加，心跳加快，其效果比接吻还明显，而且效果持续时间比接吻长3倍。也有研究发现，老年人吃巧克力可能会导致骨质疏松。然而，更多的研究发现巧克力能提高认知能力。现在，科学家发现黑巧克力和可可脂有多重健康好处，例如黑巧克力不仅能降低心血管病风险，而且能降低肥胖者及正常人的血压，甚至能明显降低肝硬化患者的门静脉高压，从而防止他们的消化道出血，因而对肝病有一定的治疗作用。但千万要注意，只有纯度高(指可可含量及可可脂含量都高)的黑巧克力才具有明显的健康益处，而添加大量糖、奶、代可可脂及其他成分的巧克力不仅没有健康益处，反而可能对健康有害。