【摘 要】
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ASR基因(脱落酸,胁迫,成熟诱导基因)普遍存在于种子植物中,多以基因家族的形式存在,作为糖、脱落酸(abscisic acid,ABA)和胁迫信号通路的共同成分,在植物生长发育、果实成熟和抵御胁迫等方面发挥着重要的作用.为了探究ASR基因家族在藜麦中发挥的功能,本研究在藜麦全基因组数据和蛋白质组数据中查找到19条ASR基因,其编码氨基酸数目在98～235 aa之间,分子量介于11 015.73～24 485.48 kD之间,等电点在5.04～9.96之间,除XP_021735625.1之外,所有序列均含
【机 构】
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湖南农业大学,湖南省农业大数据分析与决策工程技术研究中心,长沙,410128;凯里学院大健康学院,凯里,556000;云南农业大学,省部共建云南生物资源保护与利用国家重点实验室,昆明,650201
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ASR基因(脱落酸,胁迫,成熟诱导基因)普遍存在于种子植物中,多以基因家族的形式存在,作为糖、脱落酸(abscisic acid,ABA)和胁迫信号通路的共同成分,在植物生长发育、果实成熟和抵御胁迫等方面发挥着重要的作用.为了探究ASR基因家族在藜麦中发挥的功能,本研究在藜麦全基因组数据和蛋白质组数据中查找到19条ASR基因,其编码氨基酸数目在98～235 aa之间,分子量介于11 015.73～24 485.48 kD之间,等电点在5.04～9.96之间,除XP_021735625.1之外,所有序列均含有2个外显子和1个内含子.另外,藜麦ASR蛋白均为亲水蛋白,其中有9个蛋白不稳定系数小于40,最低值为21.25,具有较高的亲水性和热稳定性.根据亚细胞定位,藜麦ASR蛋白中有4个位于线粒体,其余位于细胞核,推测藜麦ASR蛋白在抵御胁迫和果实成熟上发挥重要的功能.通过构建保守序列标签,藜麦ASR蛋白有两个高度保守区域,一个为靠近N端的富含组氨酸区,一个为靠近C端富含丙氨酸的核定位信号区.通过进化分析,将藜麦ASR蛋白分为Group A～D四组,每组蛋白的二级结构和三级结构相似,保守基序相同,推测发挥相同的生理功能,而组与组之间结构差异较大,推测执行不同的生理功能.本研究通过理化性质分析、进化分析、结构预测等对藜麦ASR基因家族的性质、结构、功能进行了分析和预测,为后续对藜麦ASR基因家族功能的深入研究提供了一定的理论依据.
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为解析嫁接繁殖和根蘖繁殖灵武长枣果实糖和酸转化差异,本研究以两种繁殖方式的成熟期果实为材料,利用高通量测序平台Illumina/Nova-Seq 2500进行了转录组测序,对转录组数据质量评估获得两样品的序列长度分别为24.48 Gb(嫁接)和28.64 Gb(根蘖),错误率为0.03％,GC含量44.11％～44.56％,Q30大于90.54％,转录组数据与冬枣基因组序列比对,所有的转录组Reads均分布于冬枣12条染色体上,基因定位的Reads数量嫁接繁殖比根蘖繁殖多;差异表达基因分析筛选到27个显著
bZIP转录因子在植物的生长发育和响应胁迫的过程中起重要作用.本研究利用全长均一化cDNA文库获得一条全长438 bp cDNA序列,与香蕉基因组数据库比对之后,将其命名为MabZIP5,编码145个氨基酸,预测分子量为35.24 kD,等电点为5.22,其编码的蛋白定位于细胞核.系统发育分析表明MabZIP53与凤梨(XP_020114228.1)、大叶藻(KMZ62676.1)的亲缘关系较近.MabZIP53在不同非生物胁迫(低温,干旱,盐)下均上调表达,尤其干旱胁迫下相对表达量最为显著.在接种Foc
蔗糖磷酸合成酶(sucrose phosphate synthase,SPS)是调控蔗糖合成途径的关键酶之一,SPS受SPS基因家族编码.本研究基于香蕉基因组数据库,鉴定出3个香蕉SPS基因,分布在4、6、9号染色体上,命名为MaSPS1～MaSPS3基因,其蛋白氨基酸数目在1043～1061 aa之间,分子量介于116.36～118.89kD之间,理论等电点在5.86～6.33之间,均为不稳定的亲水性蛋白,都不存在信号肽,蛋白二级结构都主要由α-螺旋和无规则卷曲组成.MaSPS1和MaSPS2蛋白主要分
铁是水稻必需的微量营养元素之一,但是土壤中积累过量亚铁盐会对水稻造成毒害作用.本研究通过生物信息学方法挖掘水稻Affymetrix表达谱芯片的数据,研究水稻种质Epagri108在铁毒胁迫处理和对照条件下的基因差异表达情况.结果显示,筛选到差异倍数在2倍及以上的基因407个,以对照处理组作为参照,铁毒胁迫条件下上调基因330个,下调基因77个.Gene Ontology和信号通路分析结果表明,这些差异表达基因主要涉及氧化还原反应、糖代谢、氨基酸代谢等生物学过程.本研究通过挖掘这些数据,初步探讨水稻在铁毒胁
4香豆酸辅酶A连接酶(4-coumarate:coenzyme A ligase,4CL)是黄酮类、木质素生物合成的关键酶之一,位于苯丙氨酸代谢途径的主途径向分支途径过渡的关键点上,控制进入不同的次生代谢支路以产生不同的次级代谢产物.本试验以甘青青兰(Dracocephalum tanguticum Maxim)为材料,利用PCR技术从甘青青兰中克隆出该家族成员一个基因,命名为Dt4CL1,利用双酶切及质粒重组法构建过表达载体Dt4CL1-PHB.对该基因编码的蛋白进行理化性质、疏水性、信号肽、二级结构、
为探究夏黑葡萄叶片衰老相关基因的表达情况及代谢通路,本研究以叶果比12为材料,采用高通量测序技术对采集花后45、65、85和105 d的叶片进行转录组分析.结果 显示,花后45 d的样品中得到50855290条clean reads,GC含量为46.49％;花后65 d的样品中得到50432588条clean reads,GC含量为46.13％;花后85 d的样品中得到52169372条clean reads,GC含量为47.10％;花后105 d的样品中得到50988842条clean reads,GC
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