分析霍乱弧菌O1血清群El Tor产毒株基因组的重组特征。

在美国国立生物技术信息中心数据库中，选取分离时间从1937—2015年的292株霍乱弧菌O1血清群El Tor菌株完成图序列或草图序列，以菌株N16961的基因组序列为参照，使用snippy软件获得菌株的全基因组比对信息，利用ClonalFrameML软件对数据进行重组分析，比较大小染色体间重组数目及重组区域总长度的差异，以及不同分离地区菌株的基因组重组片段数目和总长度的差异。使用KOBAS分析工具对重组热点基因进行基因本体富集分析。

292株霍乱弧菌菌株中，发生基因重组163株（55.8%）；其中，归一化处理的小染色体重组片段数目M（P₂₅，P₇₅）为4.7×10^-6（9.3×10^-7，2.0×10^-5），大于大染色体[2.4×10^-6（3.4×10^-7，5.7×10^-6）]（P<0.001）；小染色体重组区域占小染色体长度的比例M（P₂₅，P₇₅）7.1%×10^-5（3.7%×10^-6，4.8%×10^-4），大于大染色体[2.2%×10^-5（2.4%×10^-6，8.4%×10^-5）]（P<0.001）。分离自非洲、亚洲、欧洲、北美洲和南美洲的菌株重组片段数目M（P₂₅，P₇₅）分别为23（1.0，33.0）、1.0（0.0，34.0）、6.0（2.0，13.0）、0.0（0.0，1.0）和29.5（6.8，56.8）（P<0.001）；分离自各大洲的菌株重组区域总长度M（P₂₅，P₇₅）分别为233.0（4.0，461.0）、11.0（0.0，695.5）、56.0（4.0，111.0）、0.0（0.0，9.0）和347.5（132.8，1 323.5）bp（P<0.001）。富集分析结果显示，62个重组热点编码基因的功能主要集中在趋化、趋性、对外界刺激的反应、受体活性和分子转导活性。

霍乱弧菌El Tor大小染色体的重组片段数目及区域长度存在差别，不同大洲菌株重组片段数目及重组区域总长度不同。