斜纹夜蛾核多角体病毒碱性核酸外切酶基因（ａｌｋ－ｅｘｏ）定位于其基因组的ＸｂａＩ－Ｉ片段上，克隆并测序确定了ａｌｋ－ｅｘｏ全序列：ＳｐｌｔＮＰＶ碱性核酸外切酶基因的完整的读码框为１２２７个核苷酸，编码一长为４０８个氨基酸的蛋白质，在距起始密码子ＡＴＧ上游　３７位、　８０位各有一个启动子基序ＴＡＴＡ框，在-２８位有杆状病毒晚期基因的启动子基序ＴＡＡＧ，在ＯＲＦ终止区有加尾信号ｐｏｌｙ（Ａ）序列ＡＡＴＡＡＡ。根据核苷酸序列推导的蛋白质的分子量为４７　ｋＤ，等电点为８．９，在２９６～３１２位氨基酸存在有一预期跨膜区，其中心位于３０４位的丙氨酸（ＧＦＹＹＳＦＧＡＬＶＣＶＦＣＭＫ）。ＳｐｌｔＮＰＶ　的ａｌｋ－ｅｘｏ氨基酸序列与其它８种杆状病毒的ａｌｋ－ｅｘｏ同源性在３７％～４３％之间，且与疱疹病毒的　ａｌｋ－ｅｘｏ基因有一定的同源性。通过对８种杆状病毒和疱疹病毒的ａｌｋ－ｅｘｏ序列比较发现了５个保守区。