国家与事业单位的工资分配关系不同于企业与国家的分配关系，对事业单位人员经费支出的总规模、事业单位工作人员的工资水平，不同事业单位的工资收入关系都有重要和直接的影响。国家与事业单位分配关系包括直接确定型、完全自主型、固定工资总额管理型、浮动工资总额管理型等，新中国成立以来经历了全面控制、逐步放开到加强管理等阶段。目前，国家与事业单位工资分配关系的调控，存在绩效工资与绩效考核分离、绩效工资总额核定缺少科学依据、绩效工资总额指标与资金来源两张皮等问题。国家与事业单位的分配关系，核心是处理好不同事业单位的工资收入关系。大多数事业单位不适合使用工资总额与经济效益挂钩的办法，要高度重视事业单位经济收益中的非公平竞争因素，探索工资总额与经济效益挂钩的科学方法。行政性和纯公益性单位应当主要实行绩效考核奖励制度，而非绩效工资制度。