利用2004-2013年相关数据,从新疆特色果品产业发展所具有的资源禀赋优势入手,通过与全国14个果品主产省份比较,利用资源禀赋系数、显示性比较优势指数和显著性比较优势指数,测算分析新疆特色果品产业的区域比较优势。结果表明:与全国14个果品主产省份相比,新疆具有明显的资源禀赋优势、显示性比较优势和显著性比较优势。从新制度经济学节约交易成本的产业链角度分析了新疆特色果品产业区域比较优势的影响因素,指出其特色果品产业发展受资源禀赋、经营模式、科技进步和市场环境等综合影响,并提出相应的对策建议:(1)加快基地建设,建立优势产业带;(2)以点示范,推进标准化、产业化生产;(3)强化市场服务,培育与做大做强品牌;(4)开拓物联网、电商营销平台,打造便捷高效的监管销售渠道。