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1942年9月，燕京大学于成都重建，在闽、赣等地流徙一年多的石泉（原名刘适）返校复学。次年12月，发生了一件令校长梅贻宝以及众学生欢欣鼓舞的喜事：著名学者陈寅恪来燕大执教了。石泉描述了第一次见到陈寅恪的情景：
记得我们第一次见到陈师，是在1944年初寒假期间历史系师生欢迎陈师和徐中舒老师的聚会中。那时全体师生共只二三十人，由王钟翰先生主持会，徐中舒老师先讲了话，说自己是陈先生的学生。陈师当即插话说：“他是当时清华国学研究院最好的学生。”这次欢迎会时间不长，但气氛亲切，陈师谈笑风生、平易近人的风度，留给我们的第一个印象，至今记忆犹新。
名师的教诲让石泉受益良多，他也谈过当时的学习心得：
我连续听这两位老師（即徐中舒、陈寅恪）好几门课，感到耳目一新，进一步开拓了我的学术眼界与思路。特别是陈师的讲课，那种高瞻远瞩的学术眼光，敏锐深邃的洞察力，和谨严深厚的功底，尤其他那种善于从常见史料中发现出人们意想不到，而细想又理所当然的新问题、新见解，使我感到真是一种无可比拟的学术享受。
1944年初，石泉在徐中舒指导下完成本科论文《春秋吴师入郢地名新释》，顺利毕业，同年秋，考取燕大研究院，导师即陈寅恪。自然，怀有浓烈“世家”情结的陈寅恪乐意招收该名学生，因其祖父陈宝箴与石泉曾祖父刘瑞芬均为晚清改革派代表人物，渊源颇深。那时，陈寅恪开设了“唐史”、“元、白、刘诗”等专题课，引得不少其他大学的教师围观、听讲，成就了“教授之教授”的美名。令人遗憾的是，12月12日，陈寅恪左目失明，随后住进了陕西街燕大对门的存仁医院，并做了手术。为了更好地照顾师长，燕大学生商议决定由男生轮流到医院值夜班，女生轮白班。石泉则天天到医院陪侍，据其1945年1月1日日记：
这些天，每天上午都去一趟存仁医院看望陈寅恪先生的眼病，因之和他熟识多了。他的深沉与坦白的风度使我体认了不少，那种学问与修养，那种表里如一的精神，给我很大的感动，真是可爱、可敬，真是个良师。前天晚上陪了他一夜，问我的身世甚详，亲切如一家人。
根据石泉、李涵（二人同在历史系学习）夫妇回忆，李涵值班时常给陈寅恪念报或读小说，借以消遣，先生尤其爱听张恨水的小说，每听到主人公的不幸遭遇即为之蹙然不乐，很动感情。石泉则常陪伴闲谈，聆听先生娓娓话家事、教学、治世、待人、处事以至国外风土人情、趣闻轶事等，“兴之所至，无所不及”。石泉在日记里也有类似记录：
这些天，由于接触得多，特别是由于值夜，和先生熟得多了，因之所谈方面也就愈来愈广，觉得真是渊博而且精纯。
和他接触，予我启发甚多，使我日益realize，在社会中欲求有所贡献，欲求追求列强的水准，知识极为重要。中国并不缺乏好人，只是太缺乏有学问、有技术的人，所以尽管心地好，也常无济于事，而且还会害事。要求结实知识，我势必还得大大地下些真功夫充实，换言之，还要更深入地作些research work。
2月12日，旧历除夕，陈寅恪回到城外华西坝家中休养。不久，燕大决定给石泉一定的待遇，让其兼任陈寅恪助手，以照料先生的工作、生活，石泉乃在2月25日记写到：“再有三天，我要搬到华西坝去了，换一个环境，做一个新开始，part time assistant成了功，从此可增加与陈先生接触的机会。有了一半的教职员身份，一切待遇也都是一半，生活此后或可安定些，以下这四个月一定要集主力以读书，将language弄出个样子来。”也就在此前后，石泉确定了论文题目“清代满、汉势力之消长及其对中国现代化的影响”。在闲聊时，陈寅恪询问石泉对哪方面感兴趣，想做什么题目。石泉表示计划探讨甲午战争中中国惨败的内政背景，从研究晚清满、汉关系入手，说明仿效西方的中国为何无法像明治维新后的日本那样形成强有力的核心领导集团，推动改革走向胜利，反而导致了后来的军阀割据局面。起初，石泉担心不被认可，孰料陈寅恪立刻予于肯定，并谈到了自己对晚清的认知：“我可以指导你，其实我对晚清历史还是熟悉的;不过我自己不能做这方面的研究。认真做，就要动感情。那样，看问题就不客观了，所以我不能做。”显然，这个议题与两人的家世背景是息息相关的。
因华西坝距燕大本部相隔三、四华里，为方便照看陈寅恪，3月1日，石泉搬进了燕大理学院院长兼数学系主任Ralph Lapwood（赖璞吾）家中，当时这位外国友人也正随他学习中国通史。赖璞吾将住房的廊子隔出一间八尺见方的小房子，容一床，一橱，一书桌，一藤椅，一脸盆架，一手巾架，以及一张小小的八角桌。窗外景色优美，赖璞吾夫妇也照应周到，石泉过得颇愉快。
石泉每天上午到陈家，先为陈寅恪念报纸，再做些查阅材料、校对文稿、代拟代写书信的工作，事情不多。先生则劝诫其多学习，“他说：‘我目前要完全休息，并没有什么事要你做，你不要拘形迹，趁这个时候好好念念外国文，无论如何都有用，生活安定了，收入多了些，多吃点营养品，尤其是蛋白质……中国最近将来的时局怎样变法都很难说，你是否念得完，也很难定，就这样念下去，把外国文念好了，不管是否治学问，都有用处。’闻之不禁感从中来。”
日本投降后，陈寅恪预备离开成都，到欧洲治疗眼疾。而就在8月中旬，石泉遭窃，全部衣服荡然无存，所有钱甚至钱夹子也全丢了，又值好友去世，这些让他情绪变得很复杂，有些迷茫、焦虑，遂在8月16日写到：“陈先生恐怕不久就要走了，即使现在不走，而无论如何，我的论文是不能在他手上完成了。东西丢了，维彩死了，抗战胜利了，陈先生要走了，我呢？——我要坚实地活下去，中国的局面展开了，大时代来了，我得更勇敢更沉着地干下去。”
1945年9月13日，吴宓提议石泉伴送陈寅恪乘飞机到昆明，据《吴宓日记》记录：“晚，家人宾友集议行事，并收检衣物文牍，极忙。寅恪终以川大学生蔡希人少不更事，伴送诸多可忧。宓乃建议请刘适君伴送寅恪飞昆，并可在昆服侍送行。筼极喜，而骝难之。宓乃促寅恪声明（一）必为适谋飞机回蓉。（二）适此行来往旅食各费，全由寅恪付给。而寅恪犹故难其词。旋于9：30如此定议。适亦愿效劳。”石泉也记录了事情的经过： 原定伴陈先生的蔡君，大家觉得他太嫩，恐怕招呼不了，临时无人，便由吴宓先生动议抓我的官差。我呢？有些觉得突兀，然这是义不容辞的，便一口答应下来。决定之后，立刻摒除行李，赶往文庙，交代些事，备衣服，借零用钱，再赶回华西坝，整理东西，房子，就此便向Hanse退了。陈先生已去，我住华西坝的最大理由已没有了，搬家事宜便托给了公期，忙到十二点钟，抱着一束简单行李（哪料到这些行装后来竟除了公期的一条毯子及随身的一身衣服外，都没有带来！）到了陈家，当晚便住在那里，一夜未得踏实。次日四点多钟便起来了，六点钟从陈家动身，一辆大卡车，把我们一伙人颠到太平寺机场。
9月14日，师生二人乘坐军用机飞行五个小时后到达昆明，却获知行李未及时上机。次日，蔡希人将陈寅恪物品送到。石泉陪陈寅恪住在西南联大教师宿舍内，先生的故旧门生纷纷前来问候、探视，计有张奚若、汤用彤、冯友兰、向达、陈岱孙、叶企孙、毛子水、雷海宗、曾昭抡、闻一多、朱自清、吴晗等。见到如此多优秀的学者、教授，让石泉大为感叹：
这些学者们都不俗，大多各有怪气，有许多是光棍，有些等于光棍。此外也都朴实无华，看着有些土气，但却都去过美国、欧洲，而他们却不似燕京人那么洋气。陈先生说：“去过欧洲的，大多不会那么洋气。”这句话，我想是有着很深的意味的。
他们来看陈先生，彼此间的谈吐既多奇趣，又有根基。同时交往关系亦大多很超拔不落俗套。我听着，很是欣赏。这些才真正是守住岗位的学人。这种在学术界称得起正统的第一流学者，在燕京，真找不到几个。
9月21日上午，石泉送陈寅恪上了飞机，看到先生从窗中用视而不见的眼睛不时向外张望并频频拱手，心中倍觉凄凉与难受，当先生离开后，他又为之挂念与担心：
这样大的岁数，这样弱的身体，而今离家远行，往遥遥的西方去求医，而这个家又是他所不断悬念的，太太有心脏病，三个女儿两个有病，自己的大半生经历着国家民族的坎坷命运，自己的感情又重，于是便养成一种易于感伤的性格——有眼光，有学问，志节操守都是上乘，却如何就是解脱不开。他老人家从不欲苦人，但他的自苦，却实在不能不让人陪他难受。
昨天是中秋节，晚上，客人走后，我偶然说一句‘外面月色极好’，便又引起他的傷感。‘可惜，我不能看！’说着，连连重声叹气。这一句话，其中要含有多少的意味呢！
他老人家是个悲剧性的性格，我很了解他的心情。但是，感谢上帝，我已经克服了这个‘执著’，我究竟是新时代的人了。
在昆明的一个星期也让石泉对人生之路、求学之旅有了更深一步的思索，他在9月22日日记写下：“昆明这一个礼拜的随侍陈先生，使我益坚治学之志，并且决心要下更坚实更专注的功夫，以后一两年中，要把重力用在读书，特别是读语言上，法、日文之外，我还要下功夫学俄文和德文，出国大概无问题，美国之外，我还要去欧洲，三十五岁之后再谈贡献。”但对石泉来说回成都成了难题，这让吴宓也甚是担忧，据《吴宓日记》9月27日，“悉寅恪已于九月二十一日由昆明飞印度。但刘适飞回蓉生死莫知，盖九月二十三日航委会机失事云”。9月29日，吴宓还致函叶企孙，询问石泉的行期。而就在10月初，昆明发生政变，杜聿明兵逼龙云去职，石泉等待的由昆明飞往成都的航班奇缺，只好搭乘汽车途经贵阳、重庆转道成都，路上花了二十多天。
恩师离校，时局的变幻影响了石泉的心态，从其友人曹天钦11月19日复函即可见一斑：“寅翁去英，对你当系另一严重打击，你于燕园中，已尽教育功能之极事，成绩俱在。你既不能于学校中永远维持学生的身份，则你之教育功能亦必随学生身份之丢失而影响日轻。……寅翁走后，治学之可能如何，我不清晰……你走任何一条新路，必会影响一些新人，生活将是日益扩展的，有新境界，新创造。”
1946年夏，访医欧美未果的陈寅恪失意归国，于10月回清华大学任教。11月，他又被燕大校长陆志韦聘为研究导师，继续指导石泉的学位论文。陈寅恪总是告诫石泉：“为弄清史实真相，什么材料都可用，只看你会不会用。”“假中有真，真中有假之史料，随处都有，要在善于鉴别。”1947年春，石泉正式提笔撰写论文，次年夏完成。论文倾注了陈寅恪大量的心血，据石泉回忆：
写作过程中，进行每一章之前，皆曾向陈师说明自己的初步想法，经首肯，并大致确定范围后，始着笔。每完成一大节或一小章（各章各节大小不等），则读与陈师听，详细讨论后，定稿。陈师对史料之掌握极为严格：首先必须充分占有史料，凡当时闻悉并能见到者，皆须尽力设法搜集、查阅，不容有丝毫遗漏;而选用于学位论文时，则又尽量筛选，力求精炼。其次则尤注意史料之核实，同一史事，尤其是关键性的记载，彼此有出入者，必须认真加于鉴定，确定其某一部分为史实后，始得引以为据。在观点方面，则持之尤慎，必以史实为立论之基础。论文中每有分析性之论点提出，陈师必从反面加以质询，要求一一作出解答，必至穷尽各种可能有的歧见，皆予澄清之后，始同意此部分定稿。
1997年，这篇硕士论文改名为《甲午战争前后之晚清政局》由三联书店出版，它是陈寅恪生平指导的唯一一篇关于中国近代史的论文。著名学者汪荣祖认为该论文但凡涉及宫廷矛盾和朝臣党争诸事，真相难明时，则“随手引用实录、日记、函札、奏议等资料，铺陈分析，道出原委，来龙去脉，一览无遗”，如此功力，犹如义宁陈氏现身说法;针对晚清各类悲剧铸成的来龙去脉均有细腻论述，“利用原始资料展示隐情之功力，尤非由家世若陈寅恪者、学养如陈寅恪者所传授而能有”。并作了整体性评价：“读者不难见及书中引用史料之谨慎，分析史事之细密，考究党派分际之理路清晰，以及一语道破暗语与内情之明快，在在透露义宁陈氏的遗风。不过，作者在行文上并未完全师法陈氏特有的‘合本子注’体，引一段，述一段。而是采用简洁有力的叙事本末体，配引文，附注脚，详列参考书目，可谓陈体的现代化，颇为可取。”
四十年代末，石泉、李涵经常参与学生运动，在1948年“八·一九”事件中，李涵被扣押，陈寅恪闻讯后表示愿意出面保释。1949年1月，陈寅恪开始蛰居岭南，石泉则驻留北京、武汉等地，他们的联系自然也少了。1962年，陈寅恪托人带去口信借阅黄濬《花随人圣庵摭忆》一书，石泉随即寄去。
无疑，陈寅恪的言传身教始终影响着石泉。1956年，石泉在武汉大学开设“中国近代史”课程，但其观点在“拔白旗”运动中遭到严厉批判，因觉着近代史禁区太多，又不愿作违心之论，遂将专业重点转到历史地理学，其中仍然少不了对陈寅恪的学术传承：
在随侍陈师期间，也有不少次把自己对荆楚历史地理的想法向陈先生讨教过，本科毕业论文早先也请陈先生看过。陈先生鼓励我继续搞下去，并蒙指点：注意六朝时期江陵外围城邑如江津、马头、豫章口、灵溪、柞溪……等的地望;也要注意古今里的比率大小与换算问题。这些都给我以很大的启发，我在后来的研究中，也都作了一些初步的探讨。
自八十年代以来，石泉以回忆文章、史料整理以及大会发言等多种形式缅怀恩师。1988年11月，石泉夫妇将1944年下半年的听课笔记整理出来了（即《听寅恪师唐史课笔记一则》），这份笔记清晰地记录了陈寅恪的教学之道：讲专题前，先介绍有关材料，基本观点与研究方法，重教授学生研究问题的方法，培养学生独立研究的能力。1989年8月，石泉受陈美延嘱托整理了《寒柳堂记梦未定稿（补）》，通过与蒋天枢本对校，增补了一些有价值的内容。同年，石泉夫妇还撰写了史料丰赡的《追忆先师寅恪先生》。1994年、1999年，石泉先后两次到中山大学参加纪念陈寅恪学术研讨会，并作大会发言，其中后一篇《先师寅恪先生治学思路与方法之追忆（补充二则）》谈到的“个性不真实，通性真实——以小说证史的思路”、“愿开风气不为师”两条极关键。而这些也都为全面认识、理解陈寅恪提供了鲜活的材料。
记得我们第一次见到陈师，是在1944年初寒假期间历史系师生欢迎陈师和徐中舒老师的聚会中。那时全体师生共只二三十人，由王钟翰先生主持会，徐中舒老师先讲了话，说自己是陈先生的学生。陈师当即插话说：“他是当时清华国学研究院最好的学生。”这次欢迎会时间不长，但气氛亲切，陈师谈笑风生、平易近人的风度，留给我们的第一个印象，至今记忆犹新。
名师的教诲让石泉受益良多，他也谈过当时的学习心得：
我连续听这两位老師（即徐中舒、陈寅恪）好几门课，感到耳目一新，进一步开拓了我的学术眼界与思路。特别是陈师的讲课，那种高瞻远瞩的学术眼光，敏锐深邃的洞察力，和谨严深厚的功底，尤其他那种善于从常见史料中发现出人们意想不到，而细想又理所当然的新问题、新见解，使我感到真是一种无可比拟的学术享受。
1944年初，石泉在徐中舒指导下完成本科论文《春秋吴师入郢地名新释》，顺利毕业，同年秋，考取燕大研究院，导师即陈寅恪。自然，怀有浓烈“世家”情结的陈寅恪乐意招收该名学生，因其祖父陈宝箴与石泉曾祖父刘瑞芬均为晚清改革派代表人物，渊源颇深。那时，陈寅恪开设了“唐史”、“元、白、刘诗”等专题课，引得不少其他大学的教师围观、听讲，成就了“教授之教授”的美名。令人遗憾的是，12月12日，陈寅恪左目失明，随后住进了陕西街燕大对门的存仁医院，并做了手术。为了更好地照顾师长，燕大学生商议决定由男生轮流到医院值夜班，女生轮白班。石泉则天天到医院陪侍，据其1945年1月1日日记：
这些天，每天上午都去一趟存仁医院看望陈寅恪先生的眼病，因之和他熟识多了。他的深沉与坦白的风度使我体认了不少，那种学问与修养，那种表里如一的精神，给我很大的感动，真是可爱、可敬，真是个良师。前天晚上陪了他一夜，问我的身世甚详，亲切如一家人。
根据石泉、李涵（二人同在历史系学习）夫妇回忆，李涵值班时常给陈寅恪念报或读小说，借以消遣，先生尤其爱听张恨水的小说，每听到主人公的不幸遭遇即为之蹙然不乐，很动感情。石泉则常陪伴闲谈，聆听先生娓娓话家事、教学、治世、待人、处事以至国外风土人情、趣闻轶事等，“兴之所至，无所不及”。石泉在日记里也有类似记录：
这些天，由于接触得多，特别是由于值夜，和先生熟得多了，因之所谈方面也就愈来愈广，觉得真是渊博而且精纯。
和他接触，予我启发甚多，使我日益realize，在社会中欲求有所贡献，欲求追求列强的水准，知识极为重要。中国并不缺乏好人，只是太缺乏有学问、有技术的人，所以尽管心地好，也常无济于事，而且还会害事。要求结实知识，我势必还得大大地下些真功夫充实，换言之，还要更深入地作些research work。
2月12日，旧历除夕，陈寅恪回到城外华西坝家中休养。不久，燕大决定给石泉一定的待遇，让其兼任陈寅恪助手，以照料先生的工作、生活，石泉乃在2月25日记写到：“再有三天，我要搬到华西坝去了，换一个环境，做一个新开始，part time assistant成了功，从此可增加与陈先生接触的机会。有了一半的教职员身份，一切待遇也都是一半，生活此后或可安定些，以下这四个月一定要集主力以读书，将language弄出个样子来。”也就在此前后，石泉确定了论文题目“清代满、汉势力之消长及其对中国现代化的影响”。在闲聊时，陈寅恪询问石泉对哪方面感兴趣，想做什么题目。石泉表示计划探讨甲午战争中中国惨败的内政背景，从研究晚清满、汉关系入手，说明仿效西方的中国为何无法像明治维新后的日本那样形成强有力的核心领导集团，推动改革走向胜利，反而导致了后来的军阀割据局面。起初，石泉担心不被认可，孰料陈寅恪立刻予于肯定，并谈到了自己对晚清的认知：“我可以指导你，其实我对晚清历史还是熟悉的;不过我自己不能做这方面的研究。认真做，就要动感情。那样，看问题就不客观了，所以我不能做。”显然，这个议题与两人的家世背景是息息相关的。
因华西坝距燕大本部相隔三、四华里，为方便照看陈寅恪，3月1日，石泉搬进了燕大理学院院长兼数学系主任Ralph Lapwood（赖璞吾）家中，当时这位外国友人也正随他学习中国通史。赖璞吾将住房的廊子隔出一间八尺见方的小房子，容一床，一橱，一书桌，一藤椅，一脸盆架，一手巾架，以及一张小小的八角桌。窗外景色优美，赖璞吾夫妇也照应周到，石泉过得颇愉快。
石泉每天上午到陈家，先为陈寅恪念报纸，再做些查阅材料、校对文稿、代拟代写书信的工作，事情不多。先生则劝诫其多学习，“他说：‘我目前要完全休息，并没有什么事要你做，你不要拘形迹，趁这个时候好好念念外国文，无论如何都有用，生活安定了，收入多了些，多吃点营养品，尤其是蛋白质……中国最近将来的时局怎样变法都很难说，你是否念得完，也很难定，就这样念下去，把外国文念好了，不管是否治学问，都有用处。’闻之不禁感从中来。”
日本投降后，陈寅恪预备离开成都，到欧洲治疗眼疾。而就在8月中旬，石泉遭窃，全部衣服荡然无存，所有钱甚至钱夹子也全丢了，又值好友去世，这些让他情绪变得很复杂，有些迷茫、焦虑，遂在8月16日写到：“陈先生恐怕不久就要走了，即使现在不走，而无论如何，我的论文是不能在他手上完成了。东西丢了，维彩死了，抗战胜利了，陈先生要走了，我呢？——我要坚实地活下去，中国的局面展开了，大时代来了，我得更勇敢更沉着地干下去。”
1945年9月13日，吴宓提议石泉伴送陈寅恪乘飞机到昆明，据《吴宓日记》记录：“晚，家人宾友集议行事，并收检衣物文牍，极忙。寅恪终以川大学生蔡希人少不更事，伴送诸多可忧。宓乃建议请刘适君伴送寅恪飞昆，并可在昆服侍送行。筼极喜，而骝难之。宓乃促寅恪声明（一）必为适谋飞机回蓉。（二）适此行来往旅食各费，全由寅恪付给。而寅恪犹故难其词。旋于9：30如此定议。适亦愿效劳。”石泉也记录了事情的经过： 原定伴陈先生的蔡君，大家觉得他太嫩，恐怕招呼不了，临时无人，便由吴宓先生动议抓我的官差。我呢？有些觉得突兀，然这是义不容辞的，便一口答应下来。决定之后，立刻摒除行李，赶往文庙，交代些事，备衣服，借零用钱，再赶回华西坝，整理东西，房子，就此便向Hanse退了。陈先生已去，我住华西坝的最大理由已没有了，搬家事宜便托给了公期，忙到十二点钟，抱着一束简单行李（哪料到这些行装后来竟除了公期的一条毯子及随身的一身衣服外，都没有带来！）到了陈家，当晚便住在那里，一夜未得踏实。次日四点多钟便起来了，六点钟从陈家动身，一辆大卡车，把我们一伙人颠到太平寺机场。
9月14日，师生二人乘坐军用机飞行五个小时后到达昆明，却获知行李未及时上机。次日，蔡希人将陈寅恪物品送到。石泉陪陈寅恪住在西南联大教师宿舍内，先生的故旧门生纷纷前来问候、探视，计有张奚若、汤用彤、冯友兰、向达、陈岱孙、叶企孙、毛子水、雷海宗、曾昭抡、闻一多、朱自清、吴晗等。见到如此多优秀的学者、教授，让石泉大为感叹：
这些学者们都不俗，大多各有怪气，有许多是光棍，有些等于光棍。此外也都朴实无华，看着有些土气，但却都去过美国、欧洲，而他们却不似燕京人那么洋气。陈先生说：“去过欧洲的，大多不会那么洋气。”这句话，我想是有着很深的意味的。
他们来看陈先生，彼此间的谈吐既多奇趣，又有根基。同时交往关系亦大多很超拔不落俗套。我听着，很是欣赏。这些才真正是守住岗位的学人。这种在学术界称得起正统的第一流学者，在燕京，真找不到几个。
9月21日上午，石泉送陈寅恪上了飞机，看到先生从窗中用视而不见的眼睛不时向外张望并频频拱手，心中倍觉凄凉与难受，当先生离开后，他又为之挂念与担心：
这样大的岁数，这样弱的身体，而今离家远行，往遥遥的西方去求医，而这个家又是他所不断悬念的，太太有心脏病，三个女儿两个有病，自己的大半生经历着国家民族的坎坷命运，自己的感情又重，于是便养成一种易于感伤的性格——有眼光，有学问，志节操守都是上乘，却如何就是解脱不开。他老人家从不欲苦人，但他的自苦，却实在不能不让人陪他难受。
昨天是中秋节，晚上，客人走后，我偶然说一句‘外面月色极好’，便又引起他的傷感。‘可惜，我不能看！’说着，连连重声叹气。这一句话，其中要含有多少的意味呢！
他老人家是个悲剧性的性格，我很了解他的心情。但是，感谢上帝，我已经克服了这个‘执著’，我究竟是新时代的人了。
在昆明的一个星期也让石泉对人生之路、求学之旅有了更深一步的思索，他在9月22日日记写下：“昆明这一个礼拜的随侍陈先生，使我益坚治学之志，并且决心要下更坚实更专注的功夫，以后一两年中，要把重力用在读书，特别是读语言上，法、日文之外，我还要下功夫学俄文和德文，出国大概无问题，美国之外，我还要去欧洲，三十五岁之后再谈贡献。”但对石泉来说回成都成了难题，这让吴宓也甚是担忧，据《吴宓日记》9月27日，“悉寅恪已于九月二十一日由昆明飞印度。但刘适飞回蓉生死莫知，盖九月二十三日航委会机失事云”。9月29日，吴宓还致函叶企孙，询问石泉的行期。而就在10月初，昆明发生政变，杜聿明兵逼龙云去职，石泉等待的由昆明飞往成都的航班奇缺，只好搭乘汽车途经贵阳、重庆转道成都，路上花了二十多天。
恩师离校，时局的变幻影响了石泉的心态，从其友人曹天钦11月19日复函即可见一斑：“寅翁去英，对你当系另一严重打击，你于燕园中，已尽教育功能之极事，成绩俱在。你既不能于学校中永远维持学生的身份，则你之教育功能亦必随学生身份之丢失而影响日轻。……寅翁走后，治学之可能如何，我不清晰……你走任何一条新路，必会影响一些新人，生活将是日益扩展的，有新境界，新创造。”
1946年夏，访医欧美未果的陈寅恪失意归国，于10月回清华大学任教。11月，他又被燕大校长陆志韦聘为研究导师，继续指导石泉的学位论文。陈寅恪总是告诫石泉：“为弄清史实真相，什么材料都可用，只看你会不会用。”“假中有真，真中有假之史料，随处都有，要在善于鉴别。”1947年春，石泉正式提笔撰写论文，次年夏完成。论文倾注了陈寅恪大量的心血，据石泉回忆：
写作过程中，进行每一章之前，皆曾向陈师说明自己的初步想法，经首肯，并大致确定范围后，始着笔。每完成一大节或一小章（各章各节大小不等），则读与陈师听，详细讨论后，定稿。陈师对史料之掌握极为严格：首先必须充分占有史料，凡当时闻悉并能见到者，皆须尽力设法搜集、查阅，不容有丝毫遗漏;而选用于学位论文时，则又尽量筛选，力求精炼。其次则尤注意史料之核实，同一史事，尤其是关键性的记载，彼此有出入者，必须认真加于鉴定，确定其某一部分为史实后，始得引以为据。在观点方面，则持之尤慎，必以史实为立论之基础。论文中每有分析性之论点提出，陈师必从反面加以质询，要求一一作出解答，必至穷尽各种可能有的歧见，皆予澄清之后，始同意此部分定稿。
1997年，这篇硕士论文改名为《甲午战争前后之晚清政局》由三联书店出版，它是陈寅恪生平指导的唯一一篇关于中国近代史的论文。著名学者汪荣祖认为该论文但凡涉及宫廷矛盾和朝臣党争诸事，真相难明时，则“随手引用实录、日记、函札、奏议等资料，铺陈分析，道出原委，来龙去脉，一览无遗”，如此功力，犹如义宁陈氏现身说法;针对晚清各类悲剧铸成的来龙去脉均有细腻论述，“利用原始资料展示隐情之功力，尤非由家世若陈寅恪者、学养如陈寅恪者所传授而能有”。并作了整体性评价：“读者不难见及书中引用史料之谨慎，分析史事之细密，考究党派分际之理路清晰，以及一语道破暗语与内情之明快，在在透露义宁陈氏的遗风。不过，作者在行文上并未完全师法陈氏特有的‘合本子注’体，引一段，述一段。而是采用简洁有力的叙事本末体，配引文，附注脚，详列参考书目，可谓陈体的现代化，颇为可取。”
四十年代末，石泉、李涵经常参与学生运动，在1948年“八·一九”事件中，李涵被扣押，陈寅恪闻讯后表示愿意出面保释。1949年1月，陈寅恪开始蛰居岭南，石泉则驻留北京、武汉等地，他们的联系自然也少了。1962年，陈寅恪托人带去口信借阅黄濬《花随人圣庵摭忆》一书，石泉随即寄去。
无疑，陈寅恪的言传身教始终影响着石泉。1956年，石泉在武汉大学开设“中国近代史”课程，但其观点在“拔白旗”运动中遭到严厉批判，因觉着近代史禁区太多，又不愿作违心之论，遂将专业重点转到历史地理学，其中仍然少不了对陈寅恪的学术传承：
在随侍陈师期间，也有不少次把自己对荆楚历史地理的想法向陈先生讨教过，本科毕业论文早先也请陈先生看过。陈先生鼓励我继续搞下去，并蒙指点：注意六朝时期江陵外围城邑如江津、马头、豫章口、灵溪、柞溪……等的地望;也要注意古今里的比率大小与换算问题。这些都给我以很大的启发，我在后来的研究中，也都作了一些初步的探讨。
自八十年代以来，石泉以回忆文章、史料整理以及大会发言等多种形式缅怀恩师。1988年11月，石泉夫妇将1944年下半年的听课笔记整理出来了（即《听寅恪师唐史课笔记一则》），这份笔记清晰地记录了陈寅恪的教学之道：讲专题前，先介绍有关材料，基本观点与研究方法，重教授学生研究问题的方法，培养学生独立研究的能力。1989年8月，石泉受陈美延嘱托整理了《寒柳堂记梦未定稿（补）》，通过与蒋天枢本对校，增补了一些有价值的内容。同年，石泉夫妇还撰写了史料丰赡的《追忆先师寅恪先生》。1994年、1999年，石泉先后两次到中山大学参加纪念陈寅恪学术研讨会，并作大会发言，其中后一篇《先师寅恪先生治学思路与方法之追忆（补充二则）》谈到的“个性不真实，通性真实——以小说证史的思路”、“愿开风气不为师”两条极关键。而这些也都为全面认识、理解陈寅恪提供了鲜活的材料。