涡度相关技术获取的碳通量观测数据，数据量较大，处理过程复杂。碳通量数据处理工作存在过程繁琐，处理过程费时，开发软件推广困难，处理算法的更新、重组和共享不易实现的问题。Web Service 和科学工作流技术的发展为科学家整合数据资源和数据方法，实现算法资源的共享和重用、自动化计算提供了一个较好的平台。本文基于中国陆地生态系统通量观测研究网络(ChinaFLUX)通量数据处理系统，通过集成目前主流的碳通量数据处理方法，利用Web Service构建通量数据处理算法库，以Taverna科学工作流系统为平台，构建了碳通量数据处理系统架构。以ChinaFLUX 长白山森林生态系统2003年30min 碳通量观测资料为实验数据，测试了该系统实际应用的可行性和有效性。结果显示基于Web Service和科学工作流技术的碳通量数据处理系统可实现碳通量数据处理方法的共享和重用及通量数据的自动化计算；可为解决目前碳通量计算过程繁琐、开发平台不一致、处理过程复杂的问题提供参考。