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伙伴选择是供应链组建过程中的关键问题，也是一个难题，针对该问题，构造了融入特殊自然演化规则的泛遗传算法，并且与差异演化算法结合，得到了泛遗传差异演化算法，克服了差异演化算法局部收敛的缺陷，提高了其全局收敛的能力。实验表明，针对供应链伙伴选择问题，泛遗传差异演化算法优于传统的遗传算法和差异演化算法。